原文:GWAS+自然選擇:62個樣本的GWAS分析,沒信號,如何巧妙的發文章

歡迎來到 bio生物信息 的世界 天前,BMC Genomics 推了一篇文獻 Population history and genetic adaptation of the Fulani nomads: inferences from genome wide data and the lactase persistence trait 。 要不是這個標題起的太大,又是Population hi ...

2019-12-08 12:59 0 371 推薦指數:

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GWAS分析基本流程及分析思路

數據預處理(DNA genotyping、Quality control、Imputation) QC的工作可以做PLINK上完成Imputation的工作用IMPUTE2完成 2. 表型數據統計分析 ...

Mon Dec 17 18:02:00 CST 2018 7 12425
GWAS條件分析(conditional analysis)

一、為什么要做GWAS的條件分析(conditional analysis) 我們做GWAS的時候,經常掃出一堆顯著的信號,假設rs121是我們掃出來與某表型最顯著相關的位點(P=1.351e-36),rs124尾隨其后(6.673e-22),也是與該表型顯著相關,那么這個時候,我們就有問題 ...

Thu Jan 17 03:20:00 CST 2019 0 1302
利用GEMMA進行GWAS分析

1、軟件下載,下載地址:https://github.com/genetics-statistics/GEMMA/releases 下載過程: 2、調用測試 ...

Sun Dec 26 06:50:00 CST 2021 0 1707
全基因組關聯分析GWAS)掃不出信號怎么辦(文獻解讀)

假如你的GWAS結果出現如下圖的時候,怎么辦呢?GWAS沒有如預期般的掃出完美的顯著信號,也就沒法繼續發揮后續研究的套路了。 最近,nature發表了一篇文獻“Common genetic variants contribute to risk of rare severe ...

Mon Dec 24 22:46:00 CST 2018 0 661
GWAS后續分析:LocusZoom圖的繪制

LocusZoom圖幾乎是GWAS文章的必備圖形之一,其主要作用是可以快速可視化GWAS找出來的信號在基因組的具體信息:比如周圍有沒有高度連鎖的位點,高度連鎖的位點是否也顯著。 下面是locuszoom的示例圖: 下面具體講講如何實現Locuszoom的繪制 1、進入Locuszoom ...

Tue Mar 26 00:13:00 CST 2019 7 1943
plink 閾性狀(質量性狀)GWAS分析

plink進行閾性狀(質量性狀)關聯分析有兩種方法 --assoc 和 --logistic, 這兩種方法又分別有分是否校正: --assoc --adjust 和 --logistic --adjust --logistic方法有可以選擇是否添加協變量: --logistic ...

Sat Dec 18 07:47:00 CST 2021 0 1692
GWAS全基因組關聯分析

出處:bilibili 關聯分析(Association):在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

Sun Jun 13 23:55:00 CST 2021 0 4672
 
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