原文:hg19基因組 | 功能區域 | 位置提取

如何獲取hg 的CDS UTR intergenic intron等的位置信息 參考手冊: Hg regions for Intergenic, Promoters, Enhancer, Exon, Intron, UTR, UTR 怎么從gtf文件獲取genome feature的區間 The coding region of a gene, also known as the CDS from ...

2019-11-19 15:39 0 512 推薦指數:

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使用 gffread 提取基因組序列信息

需求:提取 1 號染色體的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 區間的 fa 序列; 需要准備的test.gff3文件如下所示,第一列是染色體號,第二列和第三列的內容隨意,第四列和第五列是提取的開始位置和終止位置,第六列和第八列內容隨意,第七列是基因組的正負 ...

Tue Jan 11 00:03:00 CST 2022 0 1401
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
初步了解hg19注釋文件的內容 | gtf

hg19有哪些染色體? chr1 chr2 chr3 chr4 chr5 chr6 chr7 chr8 chr9 chr10 chr11 chr12 chr13 chr14 chr15 chr16 chr17 chr18 chr19 chr20 chr21 chr22 chrX chrY ...

Tue Mar 27 03:38:00 CST 2018 0 1371
NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT,Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效),可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后, ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
基因組轉座元件

轉座元件是一類能改變其自身在基因組當中的位置的DNA重復序列,它能夠使得突變產生,也能“逆轉”已有突變,它能改變生物細胞的遺傳屬性和基因組穩定性。1951年,美國冷泉港著名女性細胞遺傳學家Barbara McClintock發表文章“Induction of Instability ...

Wed Jun 17 19:08:00 CST 2020 0 540
動物基因組與植物基因組基本差異

植物vs動物總結版: 簡述高等植物基因組(可以以擬南芥和水稻基因組為例)與高等動物基因組(可以以人類、果蠅等基因組為例)在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組基因結構上的基本差異主要是生命學的第一困境,即復制-轉錄負載困境。 機制: 1.從平衡流 ...

Fri Dec 20 00:01:00 CST 2019 0 1047
 
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