原文:Linux下BLAST+的本地化(BLAST 2.2.29+)

鏈接:http: blog.sciencenet.cn home.php mod space amp uid amp do blog amp quickforward amp id Linux下BLAST 的本地化 NCBI BLAST . . : . 下載軟件BLAST: 在以下網址 ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov blast executables blast LATES ...

2019-11-11 16:14 0 538 推薦指數:

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blast+本地化中blastp操作(基於PDB庫)—linux

blast+本地化的構建對於流程化處理大量數據序列很方便,blast+是將blast模塊,分為了蛋白質序列比對蛋白數據庫(blastp)、核酸序列比對核酸數據庫(blastn)、核酸序列比對蛋白質數據庫(blastx)、蛋白質比對翻譯后的核酸數據庫(tblastn)、 翻譯后的核酸序列比對翻譯 ...

Tue Oct 29 23:24:00 CST 2019 0 528
BLAST在Windows系統中本地化

簡介 NCBI除了提供在線的Web BLAST序列比對服務外,還提供FTP方式下載序列比對工具。這允許在本地平台上針對從NCBI下載或本地創建的數據庫執行BLAST搜索。這些實用程序沒有圖形用戶界面,通過類似DOS的命令窗口運行,並通過基於文本的命令行開關接受輸入 ...

Mon Aug 06 04:57:00 CST 2018 0 4302
比對軟件BlastBlast+,Diamond比較

1. Blast (1)格式數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...

Thu Feb 28 06:15:00 CST 2019 0 2266
blast+安裝及簡單使用

軟件下載 BLAST+的一般用法如下: 格式數據庫 參數說明: -in:待格式的序列文件 -dbtype:數據庫類型,prot或nucl -out:數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫(blastp) 參數說明: -query: 輸入文件路徑及文件名 -out:輸出文件路徑 ...

Fri Mar 06 18:33:00 CST 2020 0 4705
BLAST+中makeblastdb參數詳解

以后打算工作中用到的相關BLAST操作全部用BLAST+來完成 與以前的Blast相以,我們還是從格式數據庫到比對開始 一般我們是有一個fasta文件用來格式數據庫,以前的命令是formatdb,現在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...

Mon Aug 07 00:14:00 CST 2017 0 1670
blast本地簡單運行

一、軟件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ...

Fri Jan 05 23:20:00 CST 2018 0 1414
ncbi-blast 本地安裝

詳見:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系統中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初學者(最好還是懂得基本的linux使用),高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法 ...

Mon Aug 15 17:18:00 CST 2016 0 2572
 
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