blast+本地化的構建對於流程化處理大量數據序列很方便,blast+是將blast模塊化,分為了蛋白質序列比對蛋白數據庫(blastp)、核酸序列比對核酸數據庫(blastn)、核酸序列比對蛋白質數據庫(blastx)、蛋白質比對翻譯后的核酸數據庫(tblastn)、 翻譯后的核酸序列比對翻譯 ...
鏈接:http: blog.sciencenet.cn home.php mod space amp uid amp do blog amp quickforward amp id Linux下BLAST 的本地化 NCBI BLAST . . : . 下載軟件BLAST: 在以下網址 ftp: ftp.ncbi.nlm.nih.gov blast executables blast LATES ...
2019-11-11 16:14 0 538 推薦指數:
blast+本地化的構建對於流程化處理大量數據序列很方便,blast+是將blast模塊化,分為了蛋白質序列比對蛋白數據庫(blastp)、核酸序列比對核酸數據庫(blastn)、核酸序列比對蛋白質數據庫(blastx)、蛋白質比對翻譯后的核酸數據庫(tblastn)、 翻譯后的核酸序列比對翻譯 ...
簡介 NCBI除了提供在線的Web BLAST序列比對服務外,還提供FTP方式下載序列比對工具。這允許在本地平台上針對從NCBI下載或本地創建的數據庫執行BLAST搜索。這些實用程序沒有圖形用戶界面,通過類似DOS的命令窗口運行,並通過基於文本的命令行開關接受輸入 ...
1. Blast (1)格式化數據庫 formatdb -i db.seq -p T -o T -l logfile 主要參數: -i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 -p 文件類型,是核苷酸序列數據庫(F - nucleotide)/蛋白質序列數據庫(T – protein ...
軟件下載 BLAST+的一般用法如下: 格式化數據庫 參數說明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:數據庫類型,prot或nucl -out:數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫(blastp) 參數說明: -query: 輸入文件路徑及文件名 -out:輸出文件路徑 ...
以后打算工作中用到的相關BLAST操作全部用BLAST+來完成 與以前的Blast相以,我們還是從格式化數據庫到比對開始 一般我們是有一個fasta文件用來格式化數據庫,以前的命令是formatdb,現在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...
一、軟件配置 curl -O ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ncbi-blast-2.6.0+-x64-linux.tar.gz tar zxvf ...
詳見:http://blog.shenwei.me/local-blast-installation/ Linux系統中NCBI BLAST+本地化教程 本文面向初學者(最好還是懂得基本的linux使用),高手可直接忽視。不介紹Windows系統中的安裝方法 ...
://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/ 這里我下載的 ...