生物學中的機器學習：使用K-Means和PCA進行基因組序列分析 COVID-19接下來如何突變？
作者：Andre Yedeephub翻譯組：孟翔傑許多人沒有想到，病毒就像地球上為生存而掙扎的其他生物一樣，它們會進化或變異。 只要看一看人類病毒來源的蝙蝠攜帶的病毒RNA序列片段即可 ...
原文：Python基礎-生物信息：找出基因，生物學家使用字母A、C、T和G構成的字符串建模一個基因組。
生物信息：找出基因，生物學家使用字母A C T和G構成的字符串建模一個基因組。一個基因是基因組的子串，它從三元組ATG后開始在三元組TAG TAA或TGA之前結束。此外，基因字符串的長度是 的倍數，而且基因不包含三元組ATG TAG TAA和TGA。編寫程序提示用戶輸入一個基因組，然后顯示基因組里的所有基因。如果在輸入序列中沒有找到基因，那么程序顯示 no gene is found ...
2019-10-27 16:03 0 860 推薦指數：
相關推薦
利用ONT測序檢測真核生物全基因組甲基化狀態
摘要 甲基化在真核生物基因組序列中廣泛存在，其中5mC最為普遍，在真核生物基因組中也有發現6mA。捕獲基因組中的甲基化狀態的常用技術是全基因組甲基化測序（WGBS）和簡化甲基化測序（RRBS），而隨着第三代測序技術的完善，ONT單分子納米孔測序可以從單分子的角度來檢出甲基化的胞嘧啶和腺嘌呤電流 ...
RNA-seq要做幾次生物學重復？找出來的100%都是真正的應答基因
power100%，找出來的都是真的應答基因；只做3次重復，2倍篩選條件，可以達到87%； 如果測序深度降到1 ...
antiSMASH數據庫：微生物次生代謝物合成基因組簇查詢和預測
2017年4月28日，核酸研究(Nucleic Acids Research)雜志上，在線公布了一個可搜索微生物次生代謝物合成基因組簇的綜合性數據庫antiSMASH數據庫 4.0版，前3版年均引用250次，累計引物1600+；可實現基因組與基因組之間的相關天然產物合成基因簇的查詢和預測 ...
使用 gffread 提取基因組序列信息
需求：提取 1 號染色體的 21856782-21856982 和 43942666-43942866 區間的 fa 序列； 需要准備的test.gff3文件如下所示，第一列是染色體號，第二列和第三列的內容隨意，第四列和第五列是提取的開始位置和終止位置，第六列和第八列內容隨意，第七列是基因組的正負 ...
參考基因組
參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...
基因組注釋
基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...
真核生物基因結構 & mRNA結構
參考： 分子生物學教材 再一次，翻看真核生物基因結構！ mRNA基本結構特點 Structure and function of Messenger RNA (mRNA ) 基因結構 其實這個結構不完整，完整的如下： 主要注意UTR這個結構 真核生物的基因 ...