生成測試數據 繪圖首先需要數據。通過生成一堆的向量,轉換為矩陣,得到想要的數據。 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, ( ...
前言 一般而言,我們做完pathway富集分析,就做下氣泡圖或bar圖來進行展示,但它們實際上只考慮了富集因子和Pvalue。如果我們不關注這兩個因素,而是在乎樣本本身的pathway豐度呢 對於KEGG熱圖繪制,大部分是做到KO層級,因為基因 蛋白和KO的絕大部分都是一對一的對應關系。如果一定要做Pathway的豐度熱圖呢 一般的方法是將該通路中的基因 蛋白的豐度進行累加來表示該pathway的 ...
2019-10-14 16:32 0 706 推薦指數:
生成測試數據 繪圖首先需要數據。通過生成一堆的向量,轉換為矩陣,得到想要的數據。 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, ( ...
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代碼展示 Note:我是將自己的網絡訓練后保存模型,再加載未預訓練的Resnet50模型,再加載自己主干網絡的參數最后輸出提取的特征,這樣不用改動太多代碼 比較便捷的一點就 ...
輪播圖 接觸jquery也有一段時間了,今天剛好利用輪播圖來練練手。博文的前面會介紹一個簡單用jquery做輪播圖的例子,中間會插入一些關於輪播圖更多的思考,在后面會用Javascript的方法來寫一個輪播圖,最后則是關於jquery和Javascript的比較。輪播圖的效果可以點擊如下鏈接查看 ...
無論是直方圖還是經驗分布圖,要從比較上鑒別樣本是否處近似於某種類型的分布是困難的 QQ圖可以幫我們鑒別樣本的分布是否近似於某種類型的分布 R語言,代碼如下: > qqnorm(w);qqline(w)> w <- c(75.0, 64.0 ...
熱圖可以聚合大量的數據,並可以用一種漸進色來優雅地表現,可以很直觀地展現數據的疏密程度或頻率高低。 本文利用R語言 pheatmap 包從頭開始繪制各種漂亮的熱圖。參數像積木,拼湊出你最喜歡的熱圖即可,如下圖: 基因和樣本都可以單獨聚類,排序,聚類再分組,行列注釋,配色 ...
若已經拿到表達矩陣exprSet 若差異較大,進行log縮小不同樣本的差距 1、熱圖全體 2、對差異基因進行繪制,步驟都類似,在進行繪制時,應對數據進行一定處理 3、rlog 進行數據標准化 標准化和raw count ...
解決方案有好幾種: 網頁版,無腦繪圖,就是麻煩,沒有寫代碼方便 極簡版,gplots::venn 文藝版,venneuler,不好安裝rJava,參見Y叔 酷炫版,VennDiagram 特別注意: 目前主流的韋恩圖都只支持5個類別,多了不能使用韋恩圖。 UpSet ...