原文:[R] 如何繪制各樣本的pathway豐度熱圖?

前言 一般而言,我們做完pathway富集分析,就做下氣泡圖或bar圖來進行展示,但它們實際上只考慮了富集因子和Pvalue。如果我們不關注這兩個因素,而是在乎樣本本身的pathway豐度呢 對於KEGG熱圖繪制,大部分是做到KO層級,因為基因 蛋白和KO的絕大部分都是一對一的對應關系。如果一定要做Pathway的豐度熱圖呢 一般的方法是將該通路中的基因 蛋白的豐度進行累加來表示該pathway的 ...

2019-10-14 16:32 0 706 推薦指數:

查看詳情

R語言學習 - 繪制heatmap

生成測試數據 繪圖首先需要數據。通過生成一堆的向量,轉換為矩陣,得到想要的數據。 data <- c(1:6, 6:1, 6:1, 1:6, (6:1)/10, ( ...

Mon Aug 28 01:35:00 CST 2017 0 25766
概率繪制--gradcam

代碼展示 Note:我是將自己的網絡訓練后保存模型,再加載未預訓練的Resnet50模型,再加載自己主干網絡的參數最后輸出提取的特征,這樣不用改動太多代碼 比較便捷的一點就 ...

Tue Dec 08 07:20:00 CST 2020 1 330
各種各樣的輪播

輪播 接觸jquery也有一段時間了,今天剛好利用輪播來練練手。博文的前面會介紹一個簡單用jquery做輪播的例子,中間會插入一些關於輪播更多的思考,在后面會用Javascript的方法來寫一個輪播,最后則是關於jquery和Javascript的比較。輪播的效果可以點擊如下鏈接查看 ...

Tue Oct 11 21:18:00 CST 2016 6 5273
R語言繪制QQ

無論是直方圖還是經驗分布,要從比較上鑒別樣本是否處近似於某種類型的分布是困難的 QQ可以幫我們鑒別樣本的分布是否近似於某種類型的分布 R語言,代碼如下: > qqnorm(w);qqline(w)> w <- c(75.0, 64.0 ...

Tue Oct 30 18:14:00 CST 2018 0 6702
pheatmap繪制”,你需要的都在這

可以聚合大量的數據,並可以用一種漸進色來優雅地表現,可以很直觀地展現數據的疏密程度或頻率高低。 本文利用R語言 pheatmap 包從頭開始繪制各種漂亮的。參數像積木,拼湊出你最喜歡的即可,如下圖: 基因和樣本都可以單獨聚類,排序,聚類再分組,行列注釋,配色 ...

Tue Jul 30 21:52:00 CST 2019 0 10680
RNA_seq 繪制

若已經拿到表達矩陣exprSet 若差異較大,進行log縮小不同樣本的差距 1、全體 2、對差異基因進行繪制,步驟都類似,在進行繪制時,應對數據進行一定處理 3、rlog 進行數據標准化 標准化和raw count ...

Thu Feb 06 06:07:00 CST 2020 0 3588
R繪制韋恩 | Venn

解決方案有好幾種: 網頁版,無腦繪圖,就是麻煩,沒有寫代碼方便 極簡版,gplots::venn 文藝版,venneuler,不好安裝rJava,參見Y叔 酷炫版,VennDiagram 特別注意: 目前主流的韋恩都只支持5個類別,多了不能使用韋恩。 UpSet ...

Mon Jul 08 20:57:00 CST 2019 0 2002
 
粵ICP備18138465號   © 2018-2025 CODEPRJ.COM