R繪制韋恩圖 | Venn圖

解決方案有好幾種：

• 網頁版，無腦繪圖，就是麻煩，沒有寫代碼方便
• 極簡版，gplots::venn
• 文藝版，venneuler，不好安裝rJava，參見Y叔
• 酷炫版，VennDiagram

特別注意：

目前主流的韋恩圖都只支持5個類別，多了不能使用韋恩圖。

UpSet某種程度上可以顯示多於5個類別，但是結果不是很直觀，不推薦。

library(ComplexHeatmap)
m = make_comb_mat(venn.list)
UpSet(m)

 

1. 網頁版的就不說了，非常簡單，直接輸入數據就行；

R版的輸入都是一種數據結構list，可以單獨出來。

2. 極簡版

options(repr.plot.width=4, repr.plot.height=5)
vp <- gplots::venn(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),
                 Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])))

3. 還沒成功過，需安裝rJava，代碼如下：

set.seed(2017-11-08)
x <- matrix(sample(0:4, 40, TRUE, c(.5, .1, .1, .1, .1)), ncol=4)
colnames(x) <- LETTERS[1:4]
yyplot::ggvenn(x)

4. VennDiagram，只能保存圖為文件（三種可選：tiff, png or svg），非常實用和美觀，但是不能做下游美化。

library(VennDiagram)
venn.diagram(list(Nup=names(moduleListN_DEG[["up"]]), Ndown=names(moduleListN_DEG[["down"]]),
                 Gup=names(moduleListG_DEG[["up"]]), Gdown=names(moduleListG_DEG[["down"]])), 
             fill=c("red","green","blue","yellow"), alpha=c(0.5,0.5,0.5,0.5), 
             imagetype = "tiff", category.names = rep("", 4),
             height = 600, width = 600, resolution = 100,
             cex=2, cat.fontface=4, filename="VennDiagram.tiff")

　

參考：

R作圖 在R中繪制韋恩圖的幾種方法 和 一些漂亮的venn圖

ggplot2版本的維恩圖 - Y叔公眾號