pheatmap實際上是 Pretty Heatmaps 的縮寫，簡單地來說，一個可以傻瓜式繪制聚類熱圖的R包。
常用參數介紹
基礎設置
main 圖的名字
file 要保存圖的名字
color 表示顏色，賦值漸變顏色調色板colorRampPalette屬性，選擇“綠，黑，紅”漸變，分為100個等級,，例：color = colorRampPalette(c(“navy”, “white”, “firebrick3”))(102)
sclae 表示值均一化的方向，或者按照行或列，或者沒有，值可以是"row", “column” 或者"none"
margins 表示頁邊空白的大小
fointsize 表示每一行的字體大小
聚類相關設置
cluster_cols 表示進行列的聚類，值可以是FALSE或TRUE
cluster_row 同上，是否進行行的聚類
treeheight_row 設置row方向的聚類樹高
treeheight_col 設置col方向的聚類樹高
clustering_distance_row 表示行距離度量的方法
clustering_distance_cols 同上，表示列距離度量的方法
clustering_method 表示聚類方法，值可以是hclust的任何一種，如"ward.D",“single”, “complete”（默認）, “average”, “mcquitty”, “median”, “centroid”, “ward.D2”
legend設置
legend TRUE或者FALSE，表示是否顯示圖例
legend_breaks 設置圖例的斷點，格式：vector
legend_labels legend_breaks對應的標簽 例：legend_breaks = -1:4, legend_labels = c(“0”,“1e-4”, “1e-3”, “1e-2”, “1e-1”, “1”)
單元格設置
border_color 表示熱圖上單元格邊框的顏色，如果不繪制邊框，則使用NA
cellheight 表示每個單元格的高度
cellwidth 表示每個單元格的寬度
單元格中的數值顯示：
display_numbers 表示是否將數值顯示在熱圖的格子中，如果這是一個矩陣（與原始矩陣具有相同的尺寸），則顯示矩陣的內容而不是原始值。
fontsize 表示熱圖中字體顯示的大小
number_format 設置顯示數值的格式，較常用的有"%.2f"（保留小數點后兩位），"%.1e"（科學計數法顯示，保留小數點后一位）
number_color 設置顯示內容的顏色
熱圖分割設置
cutree_rows 基於層次聚類（使用cutree）划分行的簇數（如果未聚集行，則忽略參數）
cutree_cols 基於層次聚類（使用cutree）划分列的簇數
annotation相關設置
annotation_row 行的分組信息，需要使用相應的行名稱來匹配數據和注釋中的行，注意之后顏色設置會考慮離散值還是連續值，格式要求為數據框
annotation_col 同上，列的分組信息
annotation_colors 用於手動指定annotation_row和annotation_col track顏色的列表。
annotation_names_row boolean值，顯示是否應繪制行注釋track的名稱。
annotation_names_col 同上，顯示是否應繪制列注釋track的名稱。
使用
安裝
install.packages(“pheatmap”) #安裝pheatmap包
library(pheatmap) #加載pheatmap包
?pheatmap #查看pheatmap包里面的詳細介紹
?pheatmap::pheatmap #查看pheatmap包里pheatmap函數的具體參數
原文鏈接：
https://blog.csdn.net/lalaxumelala/article/details/86022722
