R語言|ggplot2| 繪制KEGG氣泡圖

在 RStudio 中使用 BiocManager 安裝包

install.packages("BiocManager")
install.packages("ggplot2")

安裝對應版本的 Rtools

詳細指導說明
安裝連接

安裝完成后，使用命令安裝 KEGGREST 以及所需要的相關包

BiocManager::install("KEGGREST")
BiocManager::install("fmcsR")
~~devtools::install_git("https://github.com/cran/RbioRXN.git")~~

包加載

library(KEGGREST)
~~library(RbioRXN)~~

查看KEGG數據庫包含的數據

listDatabases()

獲取單個數據集中的數據

pathway<- keggList("pathway")
head(pathway)

對單個數據庫進行組織的選擇

org <-keggList("pathway","hsa")
head(org)

如下圖所示：

從上面可以看出keggList不僅可以提取單個數據集還可以獲取對應物種的信息。在這里我們發現同樣的通路編碼ID卻不一樣，map+num泛指KEGG中的所有通路；has+num指的是人類物種的通路信息。

獲取所有的代謝反應和化合物數據

keggAll = get.kegg.all()
save(keggAll,file="C:/data/metabolism/database/KEGG/keggAll.Rdata")

提取數據

reaction=keggAll$reaction
write.csv(reaction," reaction.csv")
compound=keggAll$compound
write.csv(compound," compound.csv")

至此我們就可以將KEGG中的數據提取到本地進行接下來的分析處理。
提取方法參考
數據提取參考

繪制氣泡圖

參考