原文:R語言|ggplot2| 繪制KEGG氣泡圖

在 RStudio 中使用 BiocManager 安裝包 安裝對應版本的 Rtools 詳細指導說明 安裝連接 安裝完成后,使用命令安裝 KEGGREST 以及所需要的相關包 包加載 查看KEGG數據庫包含的數據 獲取單個數據集中的數據 對單個數據庫進行組織的選擇 如下圖所示: 從上面可以看出keggList不僅可以提取單個數據集還可以獲取對應物種的信息。在這里我們發現同樣的通路編碼ID卻不一樣 ...

2021-11-04 20:47 0 1297 推薦指數:

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R繪圖 第九篇:繪制散點圖和氣泡ggplot2

繪制散點圖(scatterplots)使用geom_point()函數,氣泡(bubblechart)也是一個散點圖,只不過點的大小由一個變量(size)來控制。散點圖潛在的最大問題是過度繪圖:當一個位置或相鄰的位置上出現有多個點,就可能把點繪制在彼此之上, 這會嚴重扭曲散點圖的視覺外觀 ...

Mon Aug 13 20:53:00 CST 2018 0 8492
ggplot2繪制KEGG富集散點圖

散點圖是 KEGG 富集分析結果的圖形化展示方式。在此圖中,KEGG 富集程度通過 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因個數來衡量。其中 rich factor 指差異表達的基因中位於該 pathway 條目的基因數目與所有有注釋基因中位於該 pathway 條目的基因 ...

Sun Jan 05 00:37:00 CST 2020 0 6383
R語言 ggplot2 畫平滑

library(splines) library(ggplot2) dt1 <- structure(list(Age = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L, 2L ...

Fri Jan 20 06:26:00 CST 2017 0 3395
R繪圖 第四篇:繪制ggplot2

箱線圖通過繪制觀測數據的五數總括,即最小值、下四分位數、中位數、上四分位數以及最大值,描述了變量值的分布情況。箱線圖能夠顯示出離群點(outlier),離群點也叫做異常值,通過箱線圖能夠很容易識別出數據中的異常值。 箱線圖提供了識別異常值的一個標准: 異常值通常被定義為小於 QL ...

Fri Aug 03 04:01:00 CST 2018 0 27394
R繪圖 第八篇:繪制ggplot2

geom_bar()函數不僅可以繪制條形,還能繪制,跟繪制條形的區別是坐標系不同,繪制使用的坐標系polar,並且設置theta="y": 條形的高度通常表示兩種情況之一:每組中的數據的個數,或數據框中列的值,高度表示的含義是由geom_bar()函數的參數stat ...

Mon Aug 06 17:47:00 CST 2018 0 10341
 
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