原文:經典:基因組測序數據從頭拼接或組裝算法的原理

基因組測序數據的拼接 組裝 圖片來源:google 每一個物種的參考基因組序列 reference genome 的產生都要先通過測序的方法,獲得基因組的測序讀段 reads ,然后再進行從頭拼接或組裝 英文名稱為do novogenome assembly ,最后還原測序物種的各條染色體的序列,即ATGC四種鹼基的排列順序。 之所以要進行基因組拼接,是因為現在的測序技術還只能測較短的序列,無法 ...

2019-09-27 10:30 0 515 推薦指數:

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PacBio全基因組測序組裝

PacBio公司的業務范圍也就5個(官網): Whole Genome Sequencing Targeted Sequencing Complex Populations RNA Sequencing Epigenetics 其中全基因組測序應該是PacBio ...

Sun Nov 27 04:15:00 CST 2016 0 1379
NextDenovo 組裝基因組

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT,Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效),可通過correct--assemble對其進行組裝組裝后,每個鹼基正確率為98-99.8%, 可進一步通過NextPolish進行polish。 具體 ...

Fri Jan 22 22:52:00 CST 2021 0 456
三代基因組測序技術原理簡介

考慮到cnblog不適合基因組領域這種類型的文章, 最終,我自己開通了公眾號:鹼基礦工,歡迎感興趣的同學關注! 也可以關注我的知乎:https://www.zhihu.com/people/yellowtree/activities 2018年1月修改:這篇文章寫於2013年,首發 ...

Sat Aug 03 06:15:00 CST 2013 10 54687
基因組組裝算法

序列組裝算法研究(CNKI) 對基因組組裝算法的分析和研究(CNKI) 基於De Bruij ...

Thu Jun 16 18:38:00 CST 2016 0 16483
二代數據組裝葉綠體基因組

與核基因組相比,細胞器基因組相對來說,更為保守,並且序列較短,更加易於組裝,僅僅根據二代測序reads即可進行組裝。 下面簡單介紹我在本項目中的方法,僅供參考。 1 數據 本次我使用的二代數據為50X。下機后,首先通過fastq對其進行過濾,改軟件操作較為簡單,僅僅使用-q 20 ...

Mon Jan 25 21:09:00 CST 2021 0 540
 
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