原文:STRING Cytoscape 網絡互作圖

網絡圖 Network 看似復雜,其實構成非常簡單,網絡圖是一種圖解模型,形狀如同網絡,故稱網絡圖,由節點 node 和連線 edge 兩個因素組成的。其中 node 又分為 source node 源節點 和 target node 目標節點 兩個因素組成的。這里的 node 就是我們的基因,edge 就是基因間的相互作用關系。任何網絡圖都不外乎這些構成成分。知道了網絡圖的構成之后,再做圖分析就 ...

2019-08-27 11:06 1 5927 推薦指數:

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使用Cytoscape畫PPI網絡

打開Cytoscape軟件,根據菜單導入string_interactions.tsv文件 File ----> Import ----> Network from File 會彈出下圖對話框,在對話框中設置如下: 選中string_interactions.tsv文件,點擊 ...

Thu Apr 04 07:10:00 CST 2019 0 2758
利用cytoscape網絡

首先做出下面的基因間相互關系圖 1.准備sif文件 data.sif 網絡數據文件 gene1 pp gene2 gene3 gene4 gene5 gene6 gene7 gene8 gene9 node.txt 網絡屬性文件 gene expgene1 0.2gene2 ...

Fri Dec 09 04:40:00 CST 2016 0 5713
cytoscape.js展示neo4j網絡關系圖

用可視化的方式來展示網絡關系圖是一件挺有趣的事情,在選定用cytoscape.js來顯示neo4j圖形數據庫的數據后我做了一個原型,並用下面三篇博客來記錄了做原型的過程。 用cytoscape.js展示neo4j網絡關系圖 - 1. Flask用cytoscape.js展示neo4j網絡關系圖 ...

Tue Nov 26 03:24:00 CST 2019 0 867
安裝cytoscape時的折騰

問題: 安裝cytoscape時,提示: error信息: No suitable Java Virtual Machine could be found on your system.The version of the JVM must be at least 1.8.0_152 ...

Fri Nov 22 20:07:00 CST 2019 0 2291
Cytoscape軟件簡介

•  Cytoscape一款開源的網絡顯示和分析軟件。    軟件的核心部分提供了 網絡顯示、布局、查詢等方面的基本功能。 •  Cytoscape源自系統生物學,通過Cytoscape,用戶可以在可視化的 環境下將這些生物網絡跟基因表達、    基因型等各種分子狀態信息整合 在一起,還能 ...

Mon Jul 29 03:44:00 CST 2019 0 647
 
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