問題：
安裝cytoscape時，提示：
error信息：
No suitable Java Virtual Machine could be found on your system.
The version of the JVM must be at least 1.8.0_152 and at most 9.
Please define INSTALL4J_JAVA_HOME to point to a suitable JVM.
下面是解決方法。
成功的解決方法：
1.下載jre包。
網址：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html。從cytoscape的頁面即可進入。
下載linux x86的.tar.gz后綴的包。
2.設置變量：
export JAVA_HOME=/home/yuzh/jre1.8.0_231
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
3.運行安裝命令：
./Cytoscape_3_7_2_unix.sh
解決過程
錯誤經驗：分析問題，比着急解決問題重要；問題還要從根源上解決，把每一步都搞懂。
1.始終不肯承認是自己的java版本低。給自己的理由：官網說java8，我的是java8，應該是可以的。=》導致我不嘗試提高jre版本的方法。（內心根源：重裝jre太費勁了。之前安裝時有過安裝費勁的經歷）
2.安裝時，提示：JVM需要1.8.0_152 。而我的JVM是1.8.0_51。我繼續無視這個提示，把提示的第一和第三條放到網上搜索。嘗試了網上提供的各種方法。
3.然后，我開始從頭執行“./linux.sh”進行安裝檢測。仍然提示JAVA_HOME和PATH無法設置的問題。 =》我開始搜索如何設置這兩個變量 =》那么，我得先知道JAVA的路徑是什么，然后再去設置。=》由此，我學到了查找JAVA安裝路徑的方法。
== 在此之前，我一直以為是我的JAVA_HOME與HOME設置錯誤導致的問題。
4.此時，我開始想是不是我的JVM版本低的緣故。=》 我重新回到cytoscape頁面，找到JAVA8的下載鏈接，下載jdk8.tar.gz版本。=》我發現，下載jdk的源碼包（即.tar.gz文件）后，直接將JAVA_HOME的路徑設置為該包解壓縮后的路徑即可。再按照查找到的設置PATH的方法：export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH即可。
5.安裝Cytoscape成功。
延伸技能
1.安裝rpm包、.tar.gz包的區別：
以jre-8為例（下載地址：https://www.oracle.com/technetwork/java/javase/downloads/jre8-downloads-2133155.html）。
- rpm包，需要用rpm命令進行安裝。安裝到/usr等目錄下。
- .tar.gz包，是源碼包。不需要安裝。解壓縮文件夾內的bin下面有可以直接執行的命令文件，類似windows下面的可執行文件。
2.查找Java安裝路徑的方法
執行命令如下：
[yuzh@WS01 cytoscape]ls -lrt /usr/bin/java
lrwxrwxrwx. 1 root root 22 12月 6 2017 /usr/bin/java -> /etc/alternatives/java
[yuzh@WS01 cytoscape]$ ls -lrt /etc/alternatives/java
lrwxrwxrwx. 1 root root 72 12月 6 2017 /etc/alternatives/java -> /usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.51-1.b16.el7_1.x86_64/jre/bin/java
[yuzh@WS01 cytoscape]$ export JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.51-1.b16.el7_1.x86_64/jre
參考文獻：https://blog.csdn.net/u013991521/article/details/78292136
3.linux各目錄的含義
參照另一篇博文：https://www.cnblogs.com/zypiner/p/11910171.html
4.安裝JDK，設置JAVA_HOME的方法
參考：https://docs.oracle.com/cd/E19182-01/821-0917/inst_jdk_javahome_t/index.html
后續啟動Cytoscape的問題：
問題1：
雙擊圖標，沒反應。
命令行下，執行./Cytoscape時，提示：karaf: JAVA_HOME is not valid: /home/yuzh/jre1.8.0_231
解決：
命令行下，執行下面的命令：
export JAVA_HOME=/home/yuzh/lab/02_Proj/05_PPI/12_tool/cytoscape-install/jre1.8.0_231
export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH
原因：
jre的路徑變了，之前的路徑是：/home/yuzh/jre1.8.0_231，現在的路徑是：/home/yuzh/lab/02_Proj/05_PPI/12_tool/cytoscape-install/jre1.8.0_231 。
問題2：
Error: Seems connection to App Store is unstable.
雙擊安裝目錄下的Cytoscape圖標，沒有反應。
解決：
打開在Ubuntu軟件中心，點擊圖標啟動，啟動成功。
原因：
我知道問題的原因是我無法訪問cytoscape的app store導致的。app store的網址用代理可以訪問，但是在ubuntu命令行中ping不通。導致，訪問app store失敗，cytoscape啟動失敗。
解決方法為什么好使，不明白原因。