參考:生信技能樹 ChIP-Seq綜述 一些簡單的copy,純屬個人筆記。 ChIP-seq的原理 用於在全基因組范圍中研究DNA結合蛋白(相互反應)、組蛋白修飾(表觀遺傳標記)和核小體的技術,研究這三個主題可有助於了解基因之間的相互調控以及染色體的功能結構。 在生理狀態下 ...
表觀遺傳 表觀遺傳的 個機制:DNA甲基化 組蛋白修飾 chromatin remodeling 開放染色質測序: 參考:https: zhuanlan.zhihu.com p 研究目的:研究細胞的轉錄調控。 細胞的大部分時間處於細胞分裂的間期 即:非分裂時期 ,所以細胞內的遺傳物質不叫染色體,而是染色質。 染色質又分為:常染色質 DNA展開的部分 和異染色質 DNA盤繞在核小體上的部分 。 開放 ...
2019-06-20 15:50 0 2376 推薦指數:
參考:生信技能樹 ChIP-Seq綜述 一些簡單的copy,純屬個人筆記。 ChIP-seq的原理 用於在全基因組范圍中研究DNA結合蛋白(相互反應)、組蛋白修飾(表觀遺傳標記)和核小體的技術,研究這三個主題可有助於了解基因之間的相互調控以及染色體的功能結構。 在生理狀態下 ...
functional genomics | epigenomic annotations 剛入行的總是一頭霧水,對這些表觀的標記一點興趣都沒有,種類繁多,總是記不住,這里我就做一個常識性的總結,不搞太多術語。 需要了解的也不多,常見的就那么幾個,搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。細節 ...
,但我們可以借鑒Dockerfile文件里面的安裝方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
: 1. RNA-seq分析差異基因,間接推測調控的轉錄因子。 2. 基於大量的ChIP-seq公共數 ...
ATAC-seq(Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing) 是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf和Howard Y. Chang實驗室開發的用於研究染色質可及性 ...
需要長期更新! 參考:生信修煉手冊 enhancer的基本概念: 長度幾十到幾千bp,作用是提高靶基因活性,屬於順式作用原件,DNA作用到DNA,轉錄因子就是反式,是結合到DNA的蛋白。 ...
http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ數據 24 5 2月 2013 | 程序員 Tags: 生物信息學 · 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析時 ...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程 前面已經把pipeline跑完了,但是關於結果的解讀還是不清楚,這里來深入探討一下。 復習: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...