做生物的想發文章怎么辦？轉錄調控來解析（huyou）！
最簡單的情形：
1. 我在研究一個非常重要的基因A，功能已經做得差不多了，現在想深挖，第一步就是想知道哪個轉錄因子調控這個基因A；
2. 我發現了一個新穎的轉錄因子B，非常想知道這個TF到底在調控哪個基因。
研究方法不過幾種：
1. RNA-seq分析差異基因，間接推測調控的轉錄因子。
2. 基於大量的ChIP-seq公共數據挖掘，用TF的抗體抓TF，同時抓下來TF結合的DNA，提取DNA，測序，就知道TF結合了哪些DNA，推測DNA附近的基因受該TF的調控。
3. motif分析預測，每個轉錄因子都有一個DNA結合結構域（DBD），喜歡結合在特定DNA序列上，也就是motif。去基因組上搜索motif所在的位置，其附近的基因就有可能受該TF的調控。
4. 做實驗驗證，DNase/ATAC-seq，用DNase-seq或ATAC-seq找開放區，預示着這樣的區域有調控因子結合。在開放區找motif，如果有您感興趣的TF的motif，那么這個TF很可能就在這里有結合，從而調控附近基因。
數據庫：
footprintDB - 非常好用，當你有一段能結合DNA的蛋白序列（NCBI上通常有），就能搜出具有類似motif的TF。
什么是motif：
motif是比較有特征的短序列，會多次出現的，一般認為它的生物學意義重大，做完CHIP-seq分析之后，一般都會尋找motif 。查找有兩種，一種是de novo的，要求的輸入文件的fasta序列，一般是根據peak的區域的坐標提取好序列 。另一種是依賴於數據庫的搜尋匹配，很多課題組會將現有的ChIP-seq數據進行整合，提供更全面，更准確的motif數據庫。
motif的定義：motif: recurring pattern. eg, sequence motif, structure motif or network motif
DNA序列如何找motif？
蛋白質序列如何找motif?
待續~
參考：嘉因
轉錄因子調控了誰？挖全天下所有高通量實驗數據，只為您解決這一個問題
想問一下預測motif的軟件都有哪些？軟件預測的要比已有數據庫的motif要精細很多嗎？
研究單個基因的生物信息學分析工具（大全）