ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程
，但我們可以借鑒Dockerfile文件里面的安裝方法。 也可以模仿chip-seq-pipeline2 ...
原文：轉錄調控實戰 | 一文解決轉錄調控問題 | chIP-seq | ATAC-seq
做生物的想發文章怎么辦 轉錄調控來解析 huyou 最簡單的情形： . 我在研究一個非常重要的基因A，功能已經做得差不多了，現在想深挖，第一步就是想知道哪個轉錄因子調控這個基因A . 我發現了一個新穎的轉錄因子B，非常想知道這個TF到底在調控哪個基因。 研究方法不過幾種： . RNA seq分析差異基因，間接推測調控的轉錄因子。 . 基於大量的ChIP seq公共數據挖掘，用TF的抗體抓TF，同時 ...
2018-04-17 17:57 0 2418 推薦指數：
相關推薦
表觀遺傳、開放染色質測序、ATAC-seq、ChIP-seq簡介
表觀遺傳 表觀遺傳的3個機制：DNA甲基化；組蛋白修飾；chromatin remodeling 開放染色質測序： 參考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012 研究目的：研究細胞的轉錄調控。 細胞的大部分時間處於 ...
ChIP-seq實戰 | 染色質免疫共沉淀技術 | ATAC-seq | 染色質開放性測序技術
參考：生信技能樹 ChIP-Seq綜述 一些簡單的copy，純屬個人筆記。 ChIP-seq的原理 用於在全基因組范圍中研究DNA結合蛋白（相互反應）、組蛋白修飾（表觀遺傳標記）和核小體的技術，研究這三個主題可有助於了解基因之間的相互調控以及染色體的功能結構。 在生理狀態下 ...
常見基因組功能數據介紹 | 表觀注釋 | DNase-seq | ChIP-Seq | ATAC-Seq | eQTL | ENCODE | ROADMAP
functional genomics | epigenomic annotations 剛入行的總是一頭霧水，對這些表觀的標記一點興趣都沒有，種類繁多，總是記不住，這里我就做一個常識性的總結，不搞 ...
表觀 | Enhancer | ChIP-seq | 轉錄因子 | 數據庫專題
需要長期更新！ 參考：生信修煉手冊 enhancer的基本概念： 長度幾十到幾千bp，作用是提高靶基因活性，屬於順式作用原件，DNA作用到DNA，轉錄因子就是反式，是結合到DNA的蛋白。 1981年，Benerji發現SV40中某個140bp的序列可以顯著提高血紅蛋白融合基因的表達 ...
ATAC-seq
ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin with high throughput sequencing） 是2013年由斯坦福大學William J. Greenleaf和Howard Y. Chang實驗室開發的用於研究染色質可及性 ...
轉錄調控 | Transcriptional Regulation | Regulon
scRNA-seq做完該做的QC、normalization、imputation、clustering、trajectory和integration，就會開始做轉錄調控的分析了。 核心就是圍繞着TF轉錄因子做文章 預測TF的靶基因 鑒定regulon 大部分都是高通量的預測 ...
MIT Molecular Biology 筆記6 轉錄的調控
al 轉錄的調控 原核生物的轉錄調控 一、轉錄調控原理 1、基因表達由調控蛋白控制 ...