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參考：生信修煉手冊
enhancer的基本概念：
長度幾十到幾千bp，作用是提高靶基因活性，屬於順式作用原件，DNA作用到DNA，轉錄因子就是反式，是結合到DNA的蛋白。
1981年，Benerji發現SV40中某個140bp的序列可以顯著提高血紅蛋白融合基因的表達水平。
特性：遠距離效應，無方向性。
如何鑒定enhancer區域：
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對多個轉錄因子的peak區域進行聚類，識別增強子區域
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將H3K4me1和K3K27ac這兩種組蛋白修飾作為增強子區的mark
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使用II型RNA聚合酶的最大亞基POLR2A作為抗體進行chip_seq，識別增強子
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使用組蛋白乙酰化轉移酶P300作為抗體進行chip_seq,識別增強子
現在又有了超級增強子的概念，super enhancer，就是enhancer顯著富集的區域。
Enhancer數據庫
FANTOM5 - human and mouse enhancer - Nature
HACER - human enhancer - NAR - only hg19
HEDD - human enhancer and disease - NAR - only hg19
TiED - human enhancer and tissue - no paper - only hg19 GENCODE.v19
EnhancerAtlas - human and mouse enhancer - only hg19
VISTA - human and mouse enhancer - can't download
DENdb - human enhancer - only hg19
SEdb - 超級增強子
dbSUPER - human and mouse super enhancer
ROSE - richard A. Young, super enhancer，核心發現直接發Cell
Chip-seq數據庫
ENCODE project - 綜合性數據庫，DNA、RNA、蛋白質、表觀修飾
Cistrome DB - human and mouse Chip-seq
ReMap - human chipseq
IHEC - 國際人類表觀基因組聯盟
ChIP-Atlas
GTRD
FactorBook
3D genome
HiCUP
Juicer
Juicebox
HiC-Pro
轉錄因子數據庫
unibind - human轉錄因子結合位點
ChipBase - 轉錄因子調控網絡
dbCoRC - 核心轉錄因子數據庫
Epifactors - 表觀因子數據庫
工具篇：
motif基本概念
peak calling
peak annotation
MEME-ChIP - 挖掘denovo motif
DREME
MEME - motif分析綜合工具
ggseqlogo - motif可視化 加強版
seqLogo - motif可視化
WebLogo - motif可視化
HOMER - peak注釋
PeakAnalyzer - peak注釋
ChIPseeker - peak注釋
ChIPpeakAnno- peak注釋
annoPeakR - peak注釋
GREAT - peak注釋
UPORA - peak注釋
PAVIS - peak注釋