1 ChIP-Seq技術 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技術原理 2 ChIP-Seq數據分析 2.1 數據下載 2.2 質量控制(data_assess) 2.3 比對到參考基因組 ...
需要長期更新 參考:生信修煉手冊 enhancer的基本概念: 長度幾十到幾千bp,作用是提高靶基因活性,屬於順式作用原件,DNA作用到DNA,轉錄因子就是反式,是結合到DNA的蛋白。 年,Benerji發現SV 中某個 bp的序列可以顯著提高血紅蛋白融合基因的表達水平。 特性:遠距離效應,無方向性。 如何鑒定enhancer區域: 對多個轉錄因子的peak區域進行聚類,識別增強子區域 將H K ...
2019-05-23 00:11 0 1817 推薦指數:
1 ChIP-Seq技術 1.1 概念 1.2 ChIP-seq技術原理 2 ChIP-Seq數據分析 2.1 數據下載 2.2 質量控制(data_assess) 2.3 比對到參考基因組 ...
: 1. RNA-seq分析差異基因,間接推測調控的轉錄因子。 2. 基於大量的ChIP-seq公共數 ...
functional genomics | epigenomic annotations 剛入行的總是一頭霧水,對這些表觀的標記一點興趣都沒有,種類繁多,總是記不住,這里我就做一個常識性的總結,不搞太多術語。 需要了解的也不多,常見的就那么幾個,搞懂ENCODE和ROADMAP上有的就行。細節 ...
表觀遺傳 表觀遺傳的3個機制:DNA甲基化;組蛋白修飾;chromatin remodeling 開放染色質測序: 參考:https://zhuanlan.zhihu.com/p/49461012 研究目的:研究細胞的轉錄調控。 細胞的大部分時間處於 ...
補充RNA-seq流程 以前都是自己搭RNA-seq流程,雖然可以完成任務,但是數據量一多,批次多起來,就非常難管理。 既然別人提供了這么好的流程,那就要用起來,管理起來不是一般的輕松。 ENCODE-DCC/rna-seq-pipeline 安裝比較麻煩,沒有針對local的一鍵安裝 ...
接前面文章:ChIP-seq | ATAC-seq | RNA-seq | 數據分析流程 前面已經把pipeline跑完了,但是關於結果的解讀還是不清楚,這里來深入探討一下。 復習: pipeline:https://github.com/ENCODE-DCC ...
http://homer.salk.edu/homer/ 【怪毛匠子-整理】 使用HOMER分析CLIP-SEQ數據 24 5 2月 2013 | 程序員 Tags: 生物信息學 · 軟件 HOMER是一個使用perl和C寫成的motif分析工具。之前在分析clip-seq分析時 ...
大家好,這里是專注表觀組學十余年,多組學科研服務領跑者的易基因。 染色質免疫沉淀后測序(ChIP seq)是一種針對DNA結合蛋白、組蛋白修飾或核小體的全基因組分析技術。由於二代測序技術的巨大進步,ChIP-seq比其最初版本ChIP-chip具有更高的分辨率、更低的噪聲和更大的覆蓋范圍 ...