一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
https: www.kegg.jp kegg tool map pathway .html 如下圖,篩選出基因所在的通路,並標上不同的顏色。 結果頁面如下,有些基因會找不到對應的通路,如下圖紅字,找到通路的會列在下方,點擊可以查看對應通路。 ...
2019-06-18 11:49 0 2759 推薦指數:
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常,因為它們的本質是相通的,都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫,應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別: 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
KEGG 官網提供了API, 可以方便的訪問KEGG 數據庫中的內容,鏈接如下: http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一個基因參與的pathway 信息, 以human 為例; 1) 第一步,獲取每條pathway具體的描述 ...
DAVID網站提供了id轉換的功能 1 選擇上傳gene list文件 2 選擇上傳ID的類型,我們ID-list.txt中的是Ensembl Gene ID,所以這里選ENSEMBL_GENE_ID 3 這個是類型,因為只做ID轉換,所以選Gene ...
1.bioMart包的介紹 bioMart包是一個連接bioMart數據庫的R語言接口,能通過這個軟件包自由連接到bioMart數據庫,這個包可以做以下幾個工作: 1.查找某個基因在染色體上的位置。反之,給定染色體每一區間,返回該區間的基因; 2.通過EntrezGene的ID ...
隨着人類基因組計划(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成,人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era),向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析,研究相應基因在生物體內的功能,闡明 ...
手把手教你看KEGG通路圖! 親愛的小伙伴們,是不是正關注代謝通路研究?或者你正面對數據,絞盡腦汁?小編當然不能讓親們這么辛苦,今天就跟大家分享KEGG代謝通路圖的正確解讀方法,還在迷糊中的小伙伴趕緊mark起來吧~ 怎么看KEGG中代謝通路圖? KEGG ...
1、安裝"biomaRt"包 2、"ensembl_transcript_id_version" 轉 "refseq_mrna", "ensembl_gene_id", "hgnc_symbol" 輸入文件file.txt如下所示: 轉換命令如下: 輸出文件new如下所示: ...
前言 本文主要演示GEO數據庫的一些工具,使用的數據是2015年在Nature Communications上發表的文章Regulation of autophagy and the ubiquit ...