手把手教你看KEGG通路圖！

手把手教你看KEGG通路圖！

親愛的小伙伴們，是不是正關注代謝通路研究？或者你正面對數據，絞盡腦汁？小編當然不能讓親們這么辛苦，今天就跟大家分享KEGG代謝通路圖的正確解讀方法，還在迷糊中的小伙伴趕緊mark起來吧~

 

怎么看KEGG中代謝通路圖?

KEGG，Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes，京都基因和基因組百科全書，是系統分析基因功能，聯系基因組信息和功能信息的知識庫。其中包含有大量的通路圖，如下圖所示：

 

 

 

 

 

1、代謝通路中各種符號標識：

代謝通路圖中，一般就是酶，方框里面的數字代表EC編號；小圓圈代表代謝物，點開會出現C00668的信息，C代表compound，00668是這種化合物在KEGG中的編號。

 

 

 

2、代謝通路中（綠）和（白）底框：

一般，KEGG中存在兩種代謝圖：

① reference pathway，根據已有的知識繪制的、概括的、詳盡的具有一般參考意義的代謝圖，為白色小框，在KEGG中名字以map開頭，比如map00010；

② species-specific pathway，綠色小框為該物種特有的基因或酶，只有這些綠色的框有更詳細的信息。KEGG中名字為特定物種種屬英文縮寫，比如酵母的糖酵解通路圖，sce00010。

 

 

3、KEGG富集分析：

統計該物種的富集結果，紅色邊框的為上調的，綠色邊框的為下調的。

 

 

KEGG Pathway富集分析不僅僅基於富集分析數據，人為的解讀和挑選是必不可少的。因為：

(1) 基因調控是個系統，而不僅作為1個孤立的pathway。

a. 1個基因的改變可以造成整個系統的改變；

b. 1個基因往往有多個功能，但執行具體的功能往往是不同蛋白復合物共同作用。

(2) pathway富集分析的統計假設，並非在任何情況下都適用pathway富集分析，要觀察、理解某個核心pathway中基因的相互作用，才能判斷其中的基因變化是否有生物學意義。

(3) 現存KEGG等數據庫收錄的是已有研究結果，更詳細的pathway信息需進一步完善。

 

總 結

Pathway 和 GO富集分析結果的解讀，應該從生物學意義的角度出發，Pvalue 和 Q value只是個參考而已，那些不顯著的通路也值得解讀（從功能注釋的角度解讀，而不是從富集分析的角度解讀）。只要結果可以解釋，有意義，真的不用太執着哦！