ggplot2繪制KEGG富集散點圖
散點圖是 KEGG 富集分析結果的圖形化展示方式。在此圖中，KEGG 富集程度通過 rich factor, qvalue 和富集到此通路上的基因個數來衡量。其中 rich factor 指差異表達的基因中位於該 pathway 條目的基因數目與所有有注釋基因中位於該 pathway 條目的基因 ...
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GO KEGG富集分析繪圖
柱狀圖 讀取數據 轉換term為因子 設置柱子顏色 繪圖(柱狀圖) 繪圖（氣泡圖） ...
RNA-Seq分析——KEGG富集分析
入學到現在已經有小半年了，最近正好在做RNA-Seq的分析，記錄一下自己的成長軌跡。 以下是我用clusterProfiler對擬南芥的差異表達基因做的kegg富集分析： # 載入需要的R包 library(clusterProfiler) # 載入我用edgeR得到的差異表達 ...
kegg富集分析之：KEGGREST包（9大功能）
這個包依賴極有可能是這個：https://www.kegg.jp/kegg/docs/keggapi.html ，如果可以看懂會很好理解 由於KEGG數據庫分享數據的策略改變，因此KEGG.db包不在能用，推薦KEGGREST包 But a number of years ago,KEGG ...
網頁工具KOBAS進行KEGG富集分析
KOBAS的介紹 KOBAS是北大生物信息中心研發的一個網頁工具，用來基因/蛋白功能注釋(注釋模塊)和功能基因集富集(富集模塊)。以下是KOBAS的英文介紹： KOBAS 3.0 is a web server for gene/protein functional annotation ...
DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析
何為功能富集分析？ 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分，即將一堆基因進行分類，而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說，就是把一個基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG？ 為了解決將基因按照功能進行分類的問題，科學家們開發 ...
【R】clusterProfiler的GO/KEGG富集分析用法小結
前言 關於clusterProfiler這個R包就不介紹了，網紅教授宣傳得很成功，功能也比較強大，主要是做GO和KEGG的功能富集及其可視化。簡單總結下用法，以后用時可直接找來用。 首先考慮一個問題：clusterProfiler做GO和KEGG富集分析的注釋信息來自哪里？ GO的注釋信息 ...
GO 和 KEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常，因為它們的本質是相通的，都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫，應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個 ...