增長速度飛速。然而，在這個領域相近物種的分類仍然是一個挑戰。這里，我們用兩個宏基因組數據集，人類宏基因組 ...

1. 打開NCBI 2. 輸入物種名，以HPV為例： 搜索，到genomes分欄下面選擇Assembly點擊進去 3. 進去下面的界面，再點擊RefSeq進入下載界面 4. 進入下載界面： HPV參考基因組下載界面：https ...

基因組注釋主要包括四個研究方向：重復序列的識別；非編碼RNA的預測；基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義：重復序列可分為串聯重復序列（Tendam repeat）和散在重復序列 ...

參考基因組版本命名參考基因組聯盟（Genome Reference Consortium），它是由 NCBI，EBI，桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配，糾正，增加基因組序列，以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 （Genome ...

在測序一個新物種時，首先需要對該物種的基因組結構有所了解，包括以下幾個內容： 基因組大小 重復片段大小 雜合度大小 基因組越大，雜合度也大，重復片段越大，該物種的組裝難度就越大。通常我們會通過genome survery分析，對以上幾個指標 ...

植物vs動物總結版： 簡述高等植物基因組（可以以擬南芥和水稻基因組為例）與高等動物基因組（可以以人類、果蠅等基因組為例）在基因結構層面展示出來的基本差異。 高等植物基因組與高等動物基因組在基因結構上的基本差異主要是生命組學的第一困境，即復制-轉錄負載困境。 機制： 1.從平衡流 ...

1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子：純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據到 NCBI 需要什么？ .fsa 格式的基因組數據； fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴，里面是 fasta格式 ...

NextDenovo 是有武漢未來組團隊開發出來用於組裝ONT，Pacbio, HIFI (默認參數可對60-100X數據更有效)，可通過correct--assemble對其進行組裝。組裝后， ...