利用KEGG的API獲取基因對應的pathway 信息
KEGG 官網提供了API, 可以方便的訪問KEGG 數據庫中的內容，鏈接如下： http://www.kegg.jp/kegg/rest/keggapi.html 利用API可以得到某一個基因參與的pathway 信息， 以human 為例； 1） 第一步，獲取每條pathway具體的描述 ...
原文：R獲取指定GO term和KEGG pathway的gene list基因集
clusterProfiler沒有顯性的接口，但是可以直接扣取clusterProfiler里的函數。 核心函數就是get GO data GO DATA lt get GO data org.Hs.eg.db , BP , SYMBOL 可以看到輸入的是GO數據庫，選定類別，基因名字類型，輸出的就是整個數據庫。 但是想調用這個函數沒那么簡單，得導入一系列的基礎函數。 一個常見的任務就是獲取GO數 ...
2019-05-18 18:45 0 1896 推薦指數：
相關推薦
GO 和 KEGG 的區別 | GO KEGG數據庫用法 | 基因集功能注釋 | 代謝通路富集
一直都搞不清楚這兩者的具體區別。 其實初學者搞不清楚很正常，因為它們的本質是相通的，都是對基因進行歸類注釋的數據庫。 建議初學者自己使用一下這兩個數據庫，應該很快就能明白其中的區別。 以下以一個案例來詳細說明兩者的區別： 推薦一個沒有任何基礎的人都能使用的gene set注釋工具 ...
KEGG PATHWAY
KEGG PATHWAY Database KEGG PATHWAY 數據庫是一個手工畫的代謝通路的集合，包含以下幾方面的分子間相互作用和反應網絡： 1.新陳代謝 2.遺傳信息加工 3.環境信息加工 4.細胞過程 5.生物體系統 6.人類 ...
基因探針富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱，是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目，從分子功能（molecular function）、生物學過程（biological process ...
KEGG Pathway Anonatation
上基因的存在情況。 最簡單的方法是看公司給的KEGG注釋或者直接下載本物種每個基因的注釋結果（比如， ...
NCBI獲取指定區域基因序列及其引物設計
獲取指定基因區間序列鏈接：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/NC_000017.11 步驟一：進入NCBI主頁，左邊框中選擇Nucleotide，並且在右邊框中輸入相應的搜索信息，點擊Search，如下圖所示： https ...
KEGG pathway注釋過程
KEGG mapper： 輸入：cufdiff生成的差異基因列表（log2fold_change的絕對值>1, pvalue<0.01） 目的：在KEGG網站中，利用KEGG mapper工具進行pathway注釋。 過程： 1. ID轉換：將gene symbol轉換 ...
（轉）基因芯片數據GO和KEGG功能分析
隨着人類基因組計划(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能，闡明 ...