我已經通過Gemma得到了關聯分析的結果，如下。 prefix.log.txt 中包含了一個總的PVE，這不是我們想要的。 那么，如何計算這些位點的表型解釋率？ 據了解，有些關聯分析軟件是可以同時得到這個信息的，比如Tassel。 參考：Whole-genome ...

出處：bilibili 關聯分析（Association）：在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

全基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介 在碩士就讀期間，就已經做過 GWAS 相關的分析。當時標記量非常少， windows 系統分析就足夠了，作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來，隨着高通量測序成本的降低，標記數量越來越多，不得不進入 linux 和 腳本操作的時代 ...

前段時間有位小可愛問我，為什么她的QQ圖特別飄，如果你不理解怎樣算飄，請看下圖： 理想的QQ圖應該是這樣的： 我當時的第一反應是：1）群體分層造成的；2）表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據的群體分層情況，如果沒有問題就看一下表型分布。 這段時間有空了，我覺得有必要梳理一下這個飄逸 ...

前言 關於全基因組關聯分析（GWAS）原理的資料，網上有很多。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程，卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下GWAS的計算原理。我一順口就答應了。 后面一直很懶，不願意動筆，但想着既然答應了，不寫說不過去。 我寫 ...

CTRL_LISTVIEW 風格選項 LVS_TREEVIEW 以樹型的方式來顯示列表項 LVS_UPNOTIFY 指定鼠標點擊操作的響應方式，默認情況下，如果沒有指定 LVS_UPNOTIFY 風 格，列表型控件將在鼠標按下時發出通知消息；如果指定了該風格 ...

為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源. 也就是說，如果數據存在群體分層，卻不加以控制，那么很容易得到一堆假陽性位點。 當群體出現分層時，常規手段就是將分層的 ...

全基因組關聯分析流程： 一、准備plink文件 1、准備PED文件 PED文件至少有六列，內容如下： Family ID Individual ID Paternal ID Maternal ID Sex (1=male; 2=female ...