出處：bilibili 關聯分析（Association）：在交易數據、關系數據或其他信息載體中 ...

前段時間有位小可愛問我，為什么她的QQ圖特別飄，如果你不理解怎樣算飄，請看下圖： 理想的QQ圖應該是這樣的： 我當時的第一反應是：1）群體分層造成的；2）表型分布有問題。因此讓她檢查一下數據的群體分層情況，如果沒有問題就看一下表型分布。 這段時間有空了，我覺得有必要梳理一下這個飄逸 ...

前言 關於全基因組關聯分析（GWAS）原理的資料，網上有很多。 這也是我寫了這么多GWAS的軟件教程，卻從來沒有寫過GWAS計算原理的原因。 恰巧之前微博上某位小可愛提問能否寫一下GWAS的計算原理。我一順口就答應了。 后面一直很懶，不願意動筆，但想着既然答應了，不寫說不過去。 我寫 ...

全基因組關聯分析 (GWAS) - 簡介 在碩士就讀期間，就已經做過 GWAS 相關的分析。當時標記量非常少， windows 系統分析就足夠了，作圖方面涉及的腳本也基本是蔡師兄幫寫的。后來，隨着高通量測序成本的降低，標記數量越來越多，不得不進入 linux 和 腳本操作的時代 ...

前言 很多人問我有沒有關於全基因組關聯分析（GWAS）原理的書籍或者文章推薦。 其實我個人覺得，做這個分析，先從跑流程開始，再去看原理。 為什么這么說呢，因為對於初學者來說，跑流程就像一個大黑洞，學習原理就像一個小黑洞。 很多人花了好幾個月的時間在看原理，一旦丟給他數據去分析，依舊束手無策 ...

2帶。 等位基因其實是一個集合，在同一個locus出現得基因型互為等位基因。Aa不能叫等位基因，正確的邏 ...

假如你的GWAS結果出現如下圖的時候，怎么辦呢？GWAS沒有如預期般的掃出完美的顯著信號，也就沒法繼續發揮后續研究的套路了。 最近，nature發表了一篇文獻“Common genetic variants contribute to risk of rare severe ...

為什么需要做meta分析 群體分層是GWAS研究中一個比較常見的假陽性來源. 也就是說，如果數據存在群體分層，卻不加以控制，那么很容易得到一堆假陽性位點。 當群體出現分層時，常規手段就是將分層的群體獨立分析，最后再做meta分析。 1.如何判斷群體是否分層 先用plink計算PCA ...