原文:比對軟件Blast,Blast+,Diamond比較

. Blast 格式化數據庫 formatdb i db.seq p T o T l logfile 主要參數: i 輸入需要格式化的源數據庫名稱 p 文件類型,是核苷酸序列數據庫 F nucleotide 蛋白質序列數據庫 T protein ,default T a 輸入數據庫的格式是否為ASN. FASTA T F ,default F o 解析選項:解析序列標識並且建立目錄 T F ,d ...

2019-02-27 22:15 0 2266 推薦指數:

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blast | diamond 輸出結果選擇和解析 | 比對

之前的文章:構建NCBI本地BLAST數據庫 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast構建索引 | makeblastdb 本地運行blast時,需要指定out format。 常見的網頁版blast結果可以參照:Blast結果的詳細解析 ...

Tue Mar 20 00:53:00 CST 2018 0 6472
blast+安裝及簡單使用

軟件下載 BLAST+的一般用法如下: 格式化數據庫 參數說明: -in:待格式化的序列文件 -dbtype:數據庫類型,prot或nucl -out:數據庫名 蛋白序列比對蛋白數據庫(blastp) 參數說明: -query: 輸入文件路徑及文件名 -out:輸出文件路徑 ...

Fri Mar 06 18:33:00 CST 2020 0 4705
20、BLAST比對及結果介紹

1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...

Thu Aug 17 01:20:00 CST 2017 0 1195
BLAST+中makeblastdb參數詳解

以后打算工作中用到的相關BLAST操作全部用BLAST+來完成 與以前的Blast相以,我們還是從格式化數據庫到比對開始 一般我們是有一個fasta文件用來格式化數據庫,以前的命令是formatdb,現在是makeblastdb 一般用到的格式如下: makeblastdb ...

Mon Aug 07 00:14:00 CST 2017 0 1670
blast blastn進行短序列的搜索(比對

blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task:設置比對模式,通常情況會有一個默認task,這里要設置為blastn-short -word_size:盡可能小,這里設為7 -evalue:類似於p值的一個指標,越小說明越 ...

Tue May 18 01:25:00 CST 2021 0 1893
4、在線blast比對結果解析(保守結構域)

轉載:http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 標簽: NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比對結果報告分析:BLAST是NCBI開發的一款序列相似搜索程,常用在線的BLAST比對工具進行序列 ...

Tue Sep 12 19:10:00 CST 2017 0 2143
 
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