總是跑數據,卻對數據一無所知,這說不過去吧。 看幾篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic anal ...
.GATK DepthOfCoverage 結果生成四個文件 Jan : . Jan : .. Jan : test.sample cumulative coverage counts GenekVIP Jan : test.sample cumulative coverage proportions Jan : test.sample statistics Jan : test.sample ...
2019-01-13 22:11 0 3444 推薦指數:
總是跑數據,卻對數據一無所知,這說不過去吧。 看幾篇文章吧 Sequencing depth and coverage: key considerations in genomic anal ...
最近接觸的數據都是靶向測序,或者全外測序的數據。對數據的覆蓋深度及靶向捕獲效率的評估成為了數據質量監控中必不可少的一環。 以前都是用samtools depth 算出單鹼基的深度后,用perl來進行深度及捕獲效率的計算。今天無意中看到了bamdst(https://github.com ...
如何計算每個基因的覆蓋度與深度,有多種方法可以完成。如下演示使用samtools depth命令方法 1. 數據下載 1.1 Fastq文件下載 從NCBI下載Illumina Hiseq X Ten平台的RNA-Seq數據SRR7751429信息如上圖所示。 1.1.1 ...
摘要:如果不設置任何過濾標准的話,SOAPsnp會call出更多的SNVs;AtlasSNP2算法比較嚴格,因此call出來的SNVs數量是最少的,GATK 和 SAMtools call出來的數量位 ...
PIE-Engine(Pixel Information Expert Engine,像素專家引擎),致力於加速我國遙感雲計算平台發展進程,實現遙感數據按需獲取、運算以及專題信息聚焦等服務,滿足遙感數 ...
一、如何評估測試過程的測試情況? 很多時候完成功能測試后就會發布上線,甚至交叉和回歸都沒有足夠的時間去執行,然后通過線上的補丁對遺漏的問題進行修復。如果可以在發布前了解本次測試過程所覆蓋代碼執行的比例情況,那么就可以一定程度上反應測試的執行情況和系統的質量情況。 代碼執行覆蓋 ...
背景 隨着業務增長, 隨之而來的前端需求激增, 如何在有限的時間內保證前端代碼的質量. 通過測試同學單方面的保障, 還是免不了前端線上問題, 存在回歸不到位或者測試遺漏的地方, 同時測試質量的高低沒 ...
馬蜂窩技術原創內容,更多干貨請關注公眾號:mfwtech 測試覆蓋率常被用來衡量測試的充分性和完整性,也是測試有效性的一個度量。「敏捷開發」的大潮之下,如何在快速迭代的同時保證對被測代碼的覆蓋度和產品質量,是一個非常有挑戰性的話題。 在馬蜂窩大交通、酒店等交易相關業務中,項目的開發 ...