原文:使用Modeller對蛋白質進行同源建模

一 modeller下載與安裝 輸入key碼:MODELIRANJE 做下Basic Modeling 流程吧: 在python環境下運行下例子吧: build profile.py compare.py align d.py model single.py evaluate model.py 這里還需要一個evaluate template文件 二 使用modeller對目的蛋白序列同源建模 ...

2018-12-11 14:22 0 1486 推薦指數:

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蛋白質結構模建初探

目錄 相關鏈接 蛋白質模建的幾種方法 同源模建 折疊識別 從頭預測 綜合方法 實地操作&預測結果 路線 預測結果 Swiss ...

Fri Apr 17 07:19:00 CST 2020 0 592
氨基酸,多肽,蛋白質

一、氨基,羧基和氨基酸 氨基:-NH2 氨基是基本鹼基,大多數含有氨基的有機物都有一定鹼的特性。氨基是一個活性大、易被氧化的基團。 羧基:-COOH。分子中具有羧(念suo)基的化合物稱為羧酸 ...

Mon Jul 26 07:36:00 CST 2021 0 318
蛋白質結構模型和功能預測:Swiss-model工具的使用

Swiss-model也是一款預測蛋白質結構模型的工具。網頁地址:https://swissmodel.expasy.org/ 首先,進行常規的注冊后,點擊start modelling 以搜索BRCA1蛋白質為例: 進入NCBI的protein網頁:https ...

Sat Dec 02 01:07:00 CST 2017 0 10979
【4】蛋白質組學鑒定軟件之MSGFPlus

目錄 1.簡介 2.安裝運行 3.結果 1.簡介 MSGF+也是近年來應用得比較多的蛋白鑒定軟件。java寫的,2008年初次發表JPR,2014年升級發表NC,免費開源,持續更新維護,良心軟件。而且,有研究者對不同蛋白質組學鑒定軟件進行比較分析 ...

Sat Aug 29 01:53:00 CST 2020 0 836
Diamond軟件比對蛋白質數據庫

參考文章http://www.biotrainee.com/thread-1465-1-1.html http://blog.sina.com.cn/s/blog_83f77c940102vny ...

Thu Feb 01 01:56:00 CST 2018 0 1231
蛋白質組學實驗設計、質控與分析

1. 實驗設計與技術路線 (1) 常用流程 流程 說明 1.材料收集 細胞、細胞上清、組織、血漿、血清、腦脊液、外泌體、尿液...... 2.定量技術 蛋白組:iTRAQ/TMT ...

Thu Jan 16 05:19:00 CST 2020 0 2942
1、蛋白質二級結構預測方法

原創 2017-05-08 omicshare.com 基迪奧生物 蛋白質二級結構的預測通常被認為是蛋白結構預測的第一步,二級結構是指α螺旋和β折疊等規則的蛋白質局部結構元件。不同的氨基酸殘基對於形成不同的二級結構元件具有不同的傾向性。按蛋白質中二級結構的成分可以把球形蛋白分為全 ...

Thu Jun 15 22:32:00 CST 2017 0 11882
 
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