PAUP PAUP(簡約法和其他方法的親緣分析)是由簡約法、最大似然法和距離法用於親緣分析的程序,為系統發育分析提供一個簡單的,帶有菜單界面的,與平台無關的,擁有多種功能(包括進化樹圖)的程序。 WINIPAUP 1.0 ...
簡介: 進化生物學是指研究不同生物在一段時期中的改變,其目的是提供理論,進而解釋生物多樣性的過程和機制。與證據充足的生物學相比,支持進化生物學的確鑿證據並不多,往往只能通過其他生物學分支學科提供的例證來形成理論,形成的理論來解釋這些例證。譬如鯨類為什么能適應水生環境,通過生物學上基本特征的觀察:毛發 骨盆的消失和減少,進而產生鯨類的祖先可能直接起源於毛發少的兩棲動物而非地球上的哺乳類的假設,這些 ...
2018-10-19 13:09 0 2616 推薦指數:
PAUP PAUP(簡約法和其他方法的親緣分析)是由簡約法、最大似然法和距離法用於親緣分析的程序,為系統發育分析提供一個簡單的,帶有菜單界面的,與平台無關的,擁有多種功能(包括進化樹圖)的程序。 WINIPAUP 1.0 ...
地位,使得進化生物學發生了一場革命性的變革。 其中共同祖先學說是構建系統發育樹的理論基礎(p ...
目錄 1.分析軟件 2.進化樹美化和注釋 2.1 iTOL美化 2.2 ggtree 1.分析軟件 很多很多軟件,最常用的有: MEGA PHYLIP 構建進化樹一般的步驟是:序列比對,構樹(距離法,獨立元素 ...
文章轉載於 Original 2017-07-08 Berlin 生信百科 (1)距離法 對於UPGMA樹現在已經很少見了,我只有在處理SSR數據的時候分析過一次,ME的方法不適用於物種數目較多的時候,計算時間較長。因此在這里以鄰接法,NJ(Neighbor-Joining ...
目錄 1.原理的區別 2.實操比較 UPGMA NJ法 保存樹文件 更深理解 1.原理的區別 主要區別在於,非加 ...
文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對(或多序列聯配,multiple sequence alignment,MSA),是指把多條(3 條或以上)有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對,盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...
這是一個嘗試性的文章,能不能解決我要解決的問題,並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面,實現將短序列比對上reference基因組,並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站,打開NCBI。(百度 谷歌直接搜索NCBI, 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...
目錄 目標物種和序列 相關Seq列表 多序列比對的原理和方法 相關的工具 建樹的幾種方法 實際操作 Muscle&ClustalW 可視化 ...