詳細見孟叔的文章。 ...
對FPKM RPKM以及TPM的理解 年 月 日 : : sixu days閱讀數: 標簽:FPKM RPKMTPMRNA Seq更多 個人分類:RNA Seq 雖然一直在接觸FPKM RPKM以及TPM,但是僅僅是知道它們是轉錄本定量的值,並未究其根本。最近看了幾篇文獻,對其深層次的含義有了進一步的理解,因而在這里記錄下來。 首先來看FPKM RPKM的起源: 在RNA Seq中,最簡單的定量 ...
2018-10-18 10:49 0 949 推薦指數:
詳細見孟叔的文章。 ...
注:這幾個名詞是RNA-Seq數據分析中的基礎,在此小結一下。 在RNA-Seq的分析中,對基因或轉錄本的read counts數目進行標准化(normalization)是一個極其重要的步驟,因為落在一個基因區域內的read counts數目取決於基因長度和測序深度。很容易理解:一個基因 ...
在分析了若干轉錄組之后發現,處理數據的時候最重要的不是技巧多么絢麗,你調包的能力有多么強。而是把基本的概念特別是統計和數學上的方法咬爛嚼吐,才是真正理解和掌握了分析數據的底層原理: 在RNA-Seq的分析中,對基因或轉錄本的read counts數目進行normalization是一個 ...
TPM、read counts、RPKM/FPKM你選對了嗎? 已有 3940 次閱讀 2017-12-15 15:04 |個人分類:RNA-seq|系統分類:科普集錦|關鍵詞:RNA-seq| RNA-seq 本文轉載自嘉因微信公眾號,已獲得授權。查看最新文章,敬請 ...
在轉錄組測序(RNA-Seq)中,基因的表達量是我們關注的重點。基因表達量的衡量指標有:RPKM、FPKM、TPM。 RPKM:Reads Per Kilobase Million;說實話,這個英文說明真的很費解,其實可以理解為“Reads Per Kilobase Per Million ...
之前不是很理解這兩個概念,看了本文之后就差不多理解了。 基因組學技術專題(二):為什么說FPKM/RPKM是錯的 轉自:安諾基因 我們都知道RNA-seq是通過NGS技術來檢測基因表達量的測序方法。在衡量基因表達量方面,若是單純以比對到參考基因的Reads個數(我們通常稱之為Count值 ...
版權聲明:本文為博主原創文章,轉載請注明出處 這里我們跟Cufflinks的原理一致,使用總的外顯子長度,並且去除過多的重疊的外顯子的部分。使用R語言,輸入為基因的GTF文件 包的安裝 ...
的表現量,所以Ali Mortazavi等人在2008年提出以RPKM在估計基因的表現量。 RPKM是 ...