1、使用一下命令 編譯中出現報錯: 查了一下資料,大概是PKG_CONFIG_PATH這個環境變量出了問題,找不到軟件安裝過程中依賴包的位置。 在PKG_CONFIG_PATH變量指定路徑中,應該有庫的名稱加.pc的文件。 以下就是排查 ...
官網地址:https: vcftools.github.io examples.html vcftools的軟件下載:https: vcftools.github.io examples.html 安裝 第一種情況的: tar xvf vcfools. .X.XX.tar.gz export PERL LIB path to your vcftools directory src perl cd ...
2018-09-17 15:44 0 4128 推薦指數:
1、使用一下命令 編譯中出現報錯: 查了一下資料,大概是PKG_CONFIG_PATH這個環境變量出了問題,找不到軟件安裝過程中依賴包的位置。 在PKG_CONFIG_PATH變量指定路徑中,應該有庫的名稱加.pc的文件。 以下就是排查 ...
The C++ executable module examples This page provides usage examples for the executable module. Ext ...
下列所用到的數據均為千人基因組數據庫 1、通過vcftools計算FST 命令行如下: 其中,input_data.vcf就是輸入的vcf格式 population_1.txt的格式如下: population_2.txt的格式同population_1.txt ...
VCFtools用來處理VCF文檔。 篩選特定突變 比較文件 總結突變 轉化文件格式 驗證並合並文件 取突變交集和差集 Get basic file statistics input可以為VCF或BCF格式(--vcf --gvcf or --bcf ...
因為最近有一項工作是比較填充准確性的,中間有用到vcftools比較兩個vcf文件。 使用命令也很簡單: 運行結束會生成一個名為Diff.site.diff.sites_in_files的文件: pso1,ref1和alt1代表file1.snp.vcf文件中位點信息 ...
一般來說有兩種解決方案。 第一種:添加“--plink-tped”參數: 用vcftools的“--plink”參數生成plink格式文件時,小樣本量測試可以正常生成plink格式,用大樣本量時產生Writing PLINK PED and MAP files ... Error ...
1、bcftools提取指定區段的vcf文件 下載安裝bcftools 見如下命令: bcftools filter 1000Genomes.vcf.gz --regions 9:4700000-4800000 > 4700000-4800000.vcf 注意:輸入 ...
linux上使用wget下載文件 首次安裝的centos操作系統是沒有安裝wget的,所以首先需要先安裝wget,然后才能使用wget下載文件。 1、第一步,保證centos能正常連網。使用命令 :yum -y install wget 如下圖,稍等一會即可安裝 ...