RNA velocity | RNA速率 | velocyto教程
一個比原版更好用的RNA velocity分析工具：velocyto GitHub：https://github.com/velocyto-team/velocyto.R readthedoc：http://velocyto.org/velocyto.py/index.html 歷史 ...
原文：RNA velocity | RNA速率
單細胞轉錄組確實是利器，但我們大多只利用了表達的信息，而從reads到表達之間的信息完全被我們忽略了。 最近nature發了一篇單細胞方法類文章，講得就是如何利用RNA velocity來做細胞發育路徑的推斷。 velocyto velocyto notebooks RNA velocity of single cells 首先需要了解一些基本概念： RNA velocity：the time d ...
2018-08-20 12:19 0 2390 推薦指數：
相關推薦
單細胞測序 RNA velocity | RNA速率
單細胞測序 RNA velocity | RNA速率 RNA velocity：the time derivative of the gene expression state—can be directly estimated by distinguishing between ...
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing)
什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現，轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況，主要分為兩類，一類是基於雜交，一類是基於下一代測序技術 ...
初探RNA | RNA分類 | miRNA | lncRNA
基本問題： RNA的起源、定位和意義 明確RNA的各種概念分類 各種RNA的基本結構和功能 意義 有一種學說：RNA是生命的起源。 先有雞（DNA）還是先有蛋（蛋白質），好像都不太可能，那有沒有可能先有RNA？橋接了DNA和蛋白質，RNA本身也是一種酶 ...
為什么RNA容易降解
在提取生物總RNA的過程中，被提取的RNA主要包含三類——rRNA，tRNA，和mRNA。 無論是在真核生物細胞中還是在原核生物細胞中，80%-85%的RNA都是rRNA，即核糖體RNA，是組成核糖體的主要成分。 原核生物的核糖體所含的rRNA有5S rRNA、16S rRNA、23S ...
ERCC spike-in RNA的調研
ERCC的調研 在RNA-seq數據分析中，為了比較不同樣本、不同基因之間的表達差異，通常會對數據進行標准化轉化，得到RPKM/FPKM/TPM等指標。但是這些指標都是相對定量，相對定量有兩個前提：1是絕大多數的gene表達量不變；2是高表達量的gene表達量不發生改變。 可是在一些比較特殊 ...
簡單理解RNA-seq
簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧，看了statQuest，感覺講的很棒，於是分享給大家原版視頻后台回復 ...
RNA-seq建庫技術 | RNA sequence library construction
為什么必須了解建庫技術？ 轉錄組有哪些分類？ 有哪些常見的RNA-seq建庫技術？各有什么特點 活體真核細胞里有哪些RNA，各自有什么功能，占比多少？ PCR對RNA-seq的影響？PCR free是什么意思？ 為什么RNA-seq總有一部分reads無法比對到轉錄組？ RNA ...