基因染色體定位
1.基因染色體定位TBtools Graphics-show gene on chr-第一個 文件准備： ①染色體長度信息 ②基因位置信息 #①：染色體長度文件 用基因組序列提取每條染色體的長度信息，結果是NC_開頭的基因組編號，不是染色體號 記錄 ...
原文：利用SHAPEIT將vcf文件進行基因型（genotype）定相（phasing）：查看兩個突變是否來源於同一條鏈（染色體或父本或母本），two mutations carried by the same read
首先，下載SHAPEIT. 按照里面的步驟安裝完后，將vcf文件進行基因型定相，分四步走。 第一步，將vcf文件轉化為plink二進制文件 .bed, .bim, .fam 。 這一步需要用到GATK里的GenomeAnalysisTK工具，見如下命令： java Xmx g jar GenomeAnalysisTK.jar T VariantsToBinaryPed R GRCh .fa V f ...
2018-06-20 16:38 0 1915 推薦指數：
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