原文:如何往ncbi上上傳數據

往NCBI上上傳數據: .注冊並登陸NCBI,點擊主頁的submit選項 .創建bioproject,以及biosample號 Bioproject: Bioproject是一個項目的編號,在文章發表的時候,讀者需要通過這個號來找到你文章中的數據存放到哪里去了,因此,在投稿之前,我們需要上傳數據並拿到這個ID號。這個id號下面可以存放很多個不同的reads 序列等等,例如在我的項目里面,既有基因組 ...

2018-06-19 17:10 0 1043 推薦指數:

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FTP軟件上傳NCBI數據

FileZilla軟件下載網址:https://www.filezilla.cn/ 賬號設置:協議 FTP文件傳輸協議,加密-只使用普通FTP(不安全),登錄類型-詢問密碼,進入NCBI指定文件夾,上傳數據。 來源: http://blog.sciencenet.cn ...

Wed Jan 15 17:13:00 CST 2020 0 1695
上傳RNA-seq數據NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

上傳RNA-seq數據NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
上傳RNA-seq數據NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
NCBI下載SRA數據

NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...

Tue Feb 27 00:42:00 CST 2018 0 6223
使用sratoolkit下載NCBI數據

如何使用sratoolkit下載NCBI數據? 比如我想下載這個研究的數據, 使用prefetch命令,輸入對應的SRA號碼 prefetch SRR10861695 默認下載限制是20G的數據,如果下載的數據較大,可以修改配置,比如改為最大100G prefetch --max-size ...

Thu Apr 09 21:56:00 CST 2020 0 1420
NCBI下載sra數據(新)

  今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...

Mon Aug 14 18:52:00 CST 2017 0 22600
NCBI SRA數據

簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...

Thu Jul 19 04:44:00 CST 2018 0 1663
如何利用efetch從NCBI中批量下載數據

目錄 找序列 下序列 假設我要從NCBI中下載全部水稻的mRNA序列,如何實施? 找序列 第一步,肯定是找到相關序列。 我從ncbi taxonomy進入,搜索oryza。因為要搜索mRNA核酸序列,從此選擇nucleotide,點擊Go: 注意 ...

Fri Aug 06 08:02:00 CST 2021 0 147
 
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