推薦一個畫連鎖不平衡圖（LD block）的軟件LDBlockShow，親測比haploview好用！
最近需要畫LD block,之前一直用haploview軟件畫，haploview軟件毛病比較多，比如不能有多態位點，輸入的變異位點不能太多等。動不動就報錯。 最近試了一下另外一個畫LD block的軟件LDBlockShow，比haploview好用許多。不需要自己剔除多態位點，直接輸入vcf ...
原文：haploview畫出所有SNP的LD關系圖
有時候我們想畫出所有SNP的LD關系圖，則需要在命令行添加 skipcheck 命令行，如下所示： java jar Haploview.jar skipcheck n pedfile kb .ped info kb .info png out kb 這樣就不需要經過haploview的過濾標准了。 如果只想過濾某個標准，則可參看下來參數 skipcheck Skip all the genoty ...
2018-05-19 15:37 6 1997 推薦指數：
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