原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占用,作者推薦TopHat2/Bowti2和HISAT的用戶轉換到HISAT2。官網:https ...
這么多工具和基因組版本,選擇困難症犯了,到底用哪個好呢 nature Developmental diversification of corticalinhibitory interneurons :ENSEMBL release Mus musculus genome Molecular Cell Single Cell Alternative Splicing Analysis withEx ...
2018-06-03 17:02 0 897 推薦指數:
原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占用,作者推薦TopHat2/Bowti2和HISAT的用戶轉換到HISAT2。官網:https ...
SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...
單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞的RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據在數據分析和計算 ...
業界良心啊,開源的單細胞課程。 隨便看了幾章,課程寫得非常用心,非常適合新手。 課程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源碼地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...
轉錄組是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄組研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理,已廣泛應 用於基礎研究、臨床診斷和葯物研發等領域。基於 Illumina 高通量測序平台的轉錄組測序技術使 能夠在單核苷酸水平 ...
與之對應的是single cell RNA-Seq,后面也會有類似文章。 參考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作業:RNA-seq基礎入門傳送門 資料:RNA-seq Data Analysis-A Practical ...
參考網址:http://blog.sciencenet.cn/blog-759995-990471.html 【感謝原作者】 ...