原文:單細胞RNA-seq比對定量用什么工具好?使用哪個版本的基因組?數據來說話

這么多工具和基因組版本,選擇困難症犯了,到底用哪個好呢 nature Developmental diversification of corticalinhibitory interneurons :ENSEMBL release Mus musculus genome Molecular Cell Single Cell Alternative Splicing Analysis withEx ...

2018-06-03 17:02 0 897 推薦指數:

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RNA-Seq基因組比對工具HISAT2

原文網址: http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者,使用改進的BWT算法,實現了更快的速度和更少的資源占用,作者推薦TopHat2/Bowti2和HISAT的用戶轉換到HISAT2。官網:https ...

Thu Jul 19 23:07:00 CST 2018 0 1289
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人(幾個T)。 所以我們就建一個文件夾,然后把所有需要的fastq文件鏈接到這個文件夾就行了(copy太慢,也太占空間 ...

Wed May 30 00:58:00 CST 2018 0 6106
上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳

上傳RNA-seq數據到NCBI GEO數據庫 | 單細胞RNA數據上傳 SRA - NCBI example - NCBI 要發文章了,審稿時編輯肯定會要求你上傳NGS測序數據。 一般數據都是放在集群,不可能放在個人電腦上,因為有的數據大的嚇人 ...

Tue May 26 21:44:00 CST 2020 0 1220
單細胞 RNA-seq 10X Genomics

單細胞流程跑了不少,但依舊看不懂結果,是該好好補補了。 有些人可能會誤會,覺得單細胞RNA-seq數據很好分析,跟分析常規的RNA-seq應該沒什么區別。今天的這篇文章2015年3月發表在Nature Genetics Review上,專門說明了一下單細胞RNA測序數據數據分析和計算 ...

Sat May 27 00:06:00 CST 2017 0 13409
Analysis of single cell RNA-seq data(單細胞終極課程)

業界良心啊,開源的單細胞課程。 隨便看了幾章,課程寫得非常用心,非常適合新手。 課程地址:Analysis of single cell RNA-seq data 源碼地址:hemberg-lab/scRNA.seq.course ...

Thu Jul 13 18:56:00 CST 2017 0 1541
轉錄測序(RNA-seq)技術

轉錄是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構,揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理,已廣泛應 用於基礎研究、臨床診斷和葯物研發等領域。基於 Illumina 高通量測序平台的轉錄測序技術使 能夠在單核苷酸水平 ...

Sun May 12 00:18:00 CST 2019 0 1336
Bulk RNA-Seq轉錄學習

與之對應的是single cell RNA-Seq,后面也會有類似文章。 參考:https://github.com/xuzhougeng/Learn-Bioinformatics/ 作業:RNA-seq基礎入門傳送門 資料:RNA-seq Data Analysis-A Practical ...

Thu Aug 03 00:39:00 CST 2017 0 3218
 
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