之間介紹過annovar進行對snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...
主頁使用說明http: snpeff.sourceforge.net SnpEff manual.html。 下載解壓即可使用 java 。 一 建庫 已有 個基因組的庫,直接下載。 查看已有庫: java jar snpEff.jar databases 下載庫: java jar snpEff.jar download v GRCh . 自己建庫 . Configure a new genom ...
2018-03-19 15:43 0 1656 推薦指數:
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這篇文章是對SNP位點功能注釋在線網站的一個總結帖。 軟件排名不分先后,優先順序可以看推薦指數。 彩蛋在最后,請堅持看完 1、GWAS4D, 推薦指數:**** 網址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持輸入格式 1) Variants ...
1. 准備文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可將gff3轉化為gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred與gtfToGen ...
cat snpeff.vcf | java -jar SnpSift.jar filter " ( POS >= 122 ) & ( POS <= 124 ) & ( CHROM = 'chr1' ) " > spe_snpeff.vcf 提取一號染色體 ...
看文獻的時候,發現了g:Profiler這個寶藏工具,測試了一下,使用起來超級方便、好用,一定要分享給大家~ g:Profiler網址: https://biit.cs.ut.ee/gprofiler/ 下面具體講一下該網站的功能。 1、GO 功能富集分析 功能富集分析包括:Gene ...
利用一個perl語言寫的工具:snpeffTomaf 一行代碼即可實現非常方便 github地址鏈接:https://github.com/tsy19900929/snpeffToMaf 將此倉庫中的腳本和示例文件下載下來,參照readme文件,進行操作就可以 ...
還需要對結果進行 fine-mapping(精細定位),把 causal SNP找到。 如果想了解更 ...