原文:snpEff 對snp進行功能注釋

主頁使用說明http: snpeff.sourceforge.net SnpEff manual.html。 下載解壓即可使用 java 。 一 建庫 已有 個基因組的庫,直接下載。 查看已有庫: java jar snpEff.jar databases 下載庫: java jar snpEff.jar download v GRCh . 自己建庫 . Configure a new genom ...

2018-03-19 15:43 0 1656 推薦指數:

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SNPEFF snp注釋 (添加自己基因組)

之間介紹過annovar進行snp注釋,今天介紹snpEFF SnpEff is a variant annotation and effect prediction tool. It annotates and predicts the effects of variants ...

Mon Jun 03 06:02:00 CST 2019 0 1247
SNP功能注釋網站合集

這篇文章是對SNP位點功能注釋在線網站的一個總結帖。 軟件排名不分先后,優先順序可以看推薦指數。 彩蛋在最后,請堅持看完 1、GWAS4D, 推薦指數:**** 網址:http://mulinlab.tmu.edu.cn/gwas4d 支持輸入格式 1) Variants ...

Wed Oct 30 03:56:00 CST 2019 2 1383
annovar 注釋除人類以外的SNP

1. 准備文件: ref.fa ref.gtf或者gff3,最好是gtf3,可將gff3轉化為gtf sample.vcf 2. 用gff3ToGenePred與gtfToGen ...

Tue Sep 03 20:06:00 CST 2019 0 358
snpEFF注釋的vcf文件轉化成maf文件

利用一個perl語言寫的工具:snpeffTomaf 一行代碼即可實現非常方便 github地址鏈接:https://github.com/tsy19900929/snpeffToMaf 將此倉庫中的腳本和示例文件下載下來,參照readme文件,進行操作就可以 ...

Wed Aug 18 06:26:00 CST 2021 0 99
 
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