sra是NCBI 推出的存儲高通量數據的格式,而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq,從 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m ...
Downloading and installing the SRA Toolkit step : 下載並安裝SRAtoolkit Download the Toolkit from the SRA website If you are using a web browser, the following page contains download links to the most curr ...
2018-01-25 11:32 0 2010 推薦指數:
sra是NCBI 推出的存儲高通量數據的格式,而平常我們工作用得多是fastq格式。如果需要把sra 轉成fastq,從 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?cmd=show&f=software&m ...
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法1 NCBI告知的方法(中斷不能繼續 ...
GEO數據庫 GEO數據庫隸屬於NCBI,是最大最全面的基因表達數據庫,主要是芯片和轉錄組測序數據。除儲存數據外,也提供一些數據挖掘工具,因此利用好這個數據庫,沒有實驗,沒有自己的數據也能發好文章! https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo ...
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
轉:https://shengxin.ren/article/16 https://www.cnblogs.com/lmt921108/p/7442699.html 批量下載SRA http://www.360doc.com/content/18/0428/15 ...
1)介紹 我們用SRAdb library來對SRA數據進行處理。 SRAdb 可以更方便更快的接入 metadata associated with submission, 包括study, sample, experiment, and run. SRAdb 包通過 NCBI SRA數據 ...
一、官方下載工具Sratoolkit安裝 推薦使用conda直接安裝,避免配置環境的麻煩,但sratoolkit在conda鏡像中的包名為sra-tools 二、SRA文件下載地址獲取 1.NCBI GEO數據庫下載地址 2.輸入 ...