用blastall進行序列比對
用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常強大，其下面有非常多的參數，但是一般使用的參數如：-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...
原文：megacc的進行多序列比對
.軟件的安裝： 網站：http: www.megasoftware.net windows上安裝，下載windows command line cc 版本的，格式為zip，解壓之后，里面有兩個主程序，MEGACC和MEGA PROTO，安裝完后之后，將megacc的環境變量添加到系統的環境變量中 自行百度 Linux安裝：根據自身系統的版本，選擇相應的Linux版本，我的是Ubuntu系統，因此 ...
2017-12-21 19:59 0 1842 推薦指數：
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;ClustalW）。因此，推薦使用 MAFFT 軟件進行多序列比對。 安裝 ...
muscle 軟件進行多序列比對
今天在使用muscle 軟件進行多序列比對時，發現輸出的結果全部為gap, 而且還沒有明顯的報錯信息 找了很久之后，終於發現了問題 muscle 為了追求速度，對輸入序列的個數和長度進行了限制 下面是官方說明文檔中的原話： 我的輸入序列長度為5k 左右, 最終輸出的結果全部為gap ...
用blast blastn進行短序列的搜索（比對）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：設置比對模式，通常情況會有一個默認task，這里要設置為blastn-short -word_size：盡可能小，這里設為7 -evalue：類似於p值的一個指標，越小說明越 ...
多序列比對
文章轉載於 Original 2017-07-11 liuhui 生信百科 多序列比對（或多序列聯配，multiple sequence alignment，MSA），是指把多條（3 條或以上）有系統進化關系的蛋白質或核酸序列進行比對，盡可能地把相同的鹼基或氨基酸殘基排在同一 ...
利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對
生物信息學原理作業第二彈：利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局比對。 具體原理：https://en.wikipedia.org/wiki/Needleman%E2%80%93Wunsch_algorithm。 利用Needleman–Wunsch算法進行DNA序列全局 ...
多重序列比對 CLUSTALX
【實驗目的】 1、熟悉構建分子系統發生樹的基本過程，獲得使用不同建樹方法、建樹材料和建樹參數對建樹結果影響的正確認識； 2、掌握使用Clustalx進行序列多重比對的操作方法； 3、掌握使用Phylip軟件構建系統發生樹的操作方法。 【實驗原理】 在現代分子進化研究中，根據現有生物基因 ...
Mega-序列比對
Aligning Sequences In this tutorial, we will show how to create a multiple sequence alignm ...