FASTQ 文件格式轉換為 FASTA 格式
1.利用Linux命令：awk 2.用法如下： awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項： fastq文件必須是解壓格式 ...
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fasta與fastq格式文件解讀
1、FASTA文件的格式 在生物信息學中，FASTA格式（又稱為Pearson格式）是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示，且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元，各行記錄信息如下： 第一 ...
linux 系統中shell實現將fasta文件的鹼基轉換為一行及還原
1、測試數據 2、 awk + sed實現 3、利用正則表達式及sed預存儲還原 ...
fasta文件拆分與合並
Linux中fasta文件的拆分與合並 FASTA文件的拆分： （1）如果從一個文件a提取第11至20個序列存到另一個文件b： awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print "> ...
txt文件轉為fasta文件
inf = "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test.txt"outf= "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test2.txt"def ...
文件格式——fastq格式
fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列（通常是核酸序列）以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式，多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行，第一行由'@'開始，后面 ...
FASTA文件分割
FASTA格式是一種用於記錄序列的文本格式，在生信分析中經常會用到.fasta文件中往往儲存成千上萬條序列，而在某些時候，需要對文件進行分割，如分割成每個序列一個文件，或分割成較小的fasta文件 假如有如下數據： Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta ...