StringTie 參考鏈接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html ...
StringTie 參考鏈接:https: ccb.jhu.edu software stringtie index.shtml t manual input 參數簡介 StringTie的基本用法: stringtie lt aligned reads.bam gt options 其中,aligned reads.bam 是輸入文件,該輸入文件要求必須按其基因組位置排序,如TopHat的輸出文 ...
2017-12-04 15:35 0 7353 推薦指數:
StringTie 參考鏈接: https://ccb.jhu.edu/software/stringtie/index.shtml?t=manual#input https://www.cnblogs.com/adawong/articles/7977314.html ...
StringTie是約翰·霍普金斯大學計算機生物中心開發的一款轉錄組組裝軟件,在組裝轉錄本的完整度,精度和速度方面都較以往的cufflinks 有很大的提升,也是目前有參考基因組轉錄組主流的組裝軟件。 軟件的下載 StringTie 使用說明:新版本更新之后去掉了一些參數 ...
HISAT2+StringTie+Ballgown安裝及使用流程 2015年Nature Methods上面發表了一款快速比對工具hisat,作為接替tophat和bowtie的比對工具,它具有更快的比對速度和更高的比對率,最近把這個流程走完一遍,感覺優勢還是很明顯的。 一、HISAT2 ...
轉錄組分析---Hisat2+StringTie+Ballgown使用 (2016-10-10 08:14:45) 轉載▼ 標簽: 生物信息學 轉錄組 1.Hisat2建立 ...
轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 StringTie 轉錄本組裝軟件StringTie的使用說明 轉錄組分析流程 HISTA + StringTie 組合。其Protocol 發表在Nature Protocol ...
HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據 本文總閱讀量次2017-05-26 HISAT2,StringTie,Ballgown處理轉錄組數據思路如下: 數據質控 將RNA-seq的測序reads使用hisat2比對 samtools ...
轉載於:https://www.ivistang.com/articles/312 准備軟件和數據 安裝miniconda wget -c https://repo.ana ...