很早就知道有全局比對和局部比對這兩種比對方法，都是用到的動態規划的思想，知道一些罰分矩陣的概念，但一直都沒有機會搞透徹，一些算法的細節也不太清楚，也沒有親手編程實現。 現在由於項目需求，需要手動寫一個簡單的全局和局部比對的程序，同時得知團隊里有個大牛早就用Perl實現了，看了一下他的代碼也才 ...

Needleman–Wunsch 算法的代碼實現 ...

本文介紹基於最長公共子序列的文本比較算法——Needleman/Wunsch算法。還是以實例說明：字符串A=kitten，字符串B=sitting那他們的最長公共子序列為ittn（注：最長公共子序列不需要連續出現，但一定是出現的順序一致），最長公共子序列長度為4。 和LD算法 ...

Needleman-Wunsch算法是基於動態規划算法的序列比對算法。 生信課上學的算法，課下閑來無事，用Python實現一下。 ...

BWT算法，實質上是前綴樹的一種實現。那么什么是前綴樹呢？ 一、前綴樹 對於問題p in S？如果S=rpq，那么p為S前綴rp的一個后綴。 於是，為了判斷p in S 是否成立，我們找到S的所有前綴，然后逐一判斷p是不是它們的后綴。為了加快效率，我們將所有的前綴建成一顆樹，這棵樹便是 ...

生物信息原理作業第三彈：DNA序列局部比對，利用Smith–Waterman算法，python3.6代碼實現。 實例以及原理均來自https://en.wikipedia.org/wiki/Smith%E2%80%93Waterman_algorithm。 DNA序列局部比對 轉載請保留 ...

一、Needleman-Wunsch 算法 　　尼德曼-翁施算法（英語：Needleman-Wunsch Algorithm）是基於生物信息學的知識來匹配蛋白序列或者DNA序列的算法。這是將動態算法應用於生物序列的比較的最早期的幾個實例之一。該算法是由 Saul B. Needlman ...

用blastall進行序列比對 blastall是最常用的blast程序之一，其功能非常強大，其下面有非常多的參數，但是一般使用的參數如：-p、-i、-d、-o、-e等幾個。 -p: 執行的程序名稱 -d: 搜索的數據庫名稱 -i : 要查詢的序列文件名(Query File ...