原文:如何從NCBI下載基因組數據

本文關於如何在 NCBI 的 FTP 里下載需要的基因組數據。 已知信息 例如:我從文獻里看到作者測了 Escherichia coli ATCC 的基因組,想從NCBI下載。 原文提供的信息是: This Whole Genome Shotgun project has been deposited at DDBJ EMBL GenBank under the accession number ...

2017-11-24 09:59 0 9524 推薦指數:

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如何到NCBI提交基因組

1 步驟和說明 NCBI官方說明 點此處打開提交基因組頁面 以下例子:純菌的基因組草圖用於新菌鑒定。 1.1 提交基因組數據NCBI 需要什么? .fsa 格式的基因組數據; fsa 就是用公司返回的 .sqn 的數據改為 .fsa 后綴,里面是 fasta格式 ...

Thu Mar 29 22:38:00 CST 2018 0 6181
NCBI下載各物種參考基因組

1. 打開NCBI 2. 輸入物種名,以HPV為例: 搜索,到genomes分欄下面選擇Assembly點擊進去 3. 進去下面的界面,再點擊RefSeq進入下載界面 4. 進入下載界面: HPV參考基因組下載界面:https ...

Tue Dec 07 23:23:00 CST 2021 0 5616
基因組數據

植物基因組數據庫:1、NCBI中的genome,直接下載NCBI上的基因組文件 ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/ 2、植物基因組數據庫(包含約30個左右的植物,具體查看:) 30個左右植物基因組對應列表 下載 http ...

Sun Jun 07 05:11:00 CST 2020 0 1657
基因組注釋

基因組注釋主要包括四個研究方向:重復序列的識別;非編碼RNA的預測;基因結構預測和基因功能注釋。我們將分別對這四個領域進行闡述。 1 重復序列的識別。 1.1 重復序列的研究背景和意義:重復序列可分為串聯重復序列(Tendam repeat)和散在重復序列 ...

Mon Jan 11 19:48:00 CST 2016 0 4001
參考基因組

參考基因組版本命名參考基因組聯盟(Genome Reference Consortium),它是由 NCBI,EBI,桑格研究所等機構組成。GRC 利用最佳的技術裝配,糾正,增加基因組序列,以此作為在生信分析領域作為參考的基因組。人基因組官名叫 GRCh38 (Genome ...

Sat Jun 12 20:52:00 CST 2021 0 1267
千人基因組計划數據下載某段區域SNP

下載vcf文件: 方法一:進入ftp://ftp.1000genomes.ebi.ac.uk/vol1/ftp/release/20130502/,直接下載相應染色體的vcf 方法二:進入http://grch37.ensembl.org/Homo_sapiens/Tools ...

Fri Sep 09 01:07:00 CST 2016 6 4331
參考基因組及注釋文件下載

從三大核酸數據NCBI、Ensembl、UCSC 下載參考序列及注釋文件 0.人類基因組版本對應關系 NCBI Ensembl UCSC GRCh36 release_52 hg18 ...

Fri Sep 21 00:44:00 CST 2018 0 11029
 
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