DAVID 進行 GO/KEGG 功能富集分析
何為功能富集分析？ 功能富集分析是將基因或者蛋白列表分成多個部分，即將一堆基因進行分類，而這里的分類標准往往是按照基因的功能來限定的。換句話說，就是把一個基因列表中，具有相似功能的基因放到一起，並和生物學表型關聯起來。 何為GO和KEGG？ 為了解決將基因按照功能進行分類的問題，科學家們開發 ...
原文：關於基因GO分析的DAVID簡單使用
利用DAVID簡單的進行GO富集度分析 這里只做簡單的分析，即看基因是否存在在GO的三個過程里面 比如我們有一組要分析的基因：TRPV CXADR PROM GRAMD SOX GPRIN VANGL GRHL BCL A MROH 這里用的是關於人的基因名 首先打開DAVID網頁，選擇Functional Annotation： 在左邊的框里面按提示輸入，步驟 ，輸入你的ID號，這里可以是基因 ...
2017-09-30 18:47 0 9404 推薦指數：
相關推薦
基因探針富集分析（GSEA）& GO & pathway
http://blog.sina.com.cn/s/blog_4c1f21000100utyx.html GO是Gene Ontology的簡稱，是生物學家為了衡量基因的功能而而發起的一個項目，從分子功能（molecular function）、生物學過程（biological process ...
R: 修改鏡像、bioconductor安裝及go基因富集分析
1、安裝bioconductor及go分析涉及的相關包 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") options(BioC_mirror="http://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") biocLite("DO.db ...
（轉）基因芯片數據GO和KEGG功能分析
隨着人類基因組計划(Human Genome Project)即全部核苷酸測序的即將完成，人類基因組研究的重心逐漸進入后基因組時代(Postgenome Era)，向基因的功能及基因的多樣性傾斜。通過對個體在不同生長發育階段或不同生理狀態下大量基因表達的平行分析，研究相應基因在生物體內的功能，闡明 ...
富集分析DAVID、Metascape、Enrichr、ClueGO
前言 一般我們挑出一堆感興趣的基因想臨時看看它們的功能，需要做個富集分析。雖然公司買了最新版的數據庫，如KEGG，但在集群跑下來嫌麻煩。這時網頁在線或者本地化工具派上用場了。 DAVID DAVID地址 以前我會首選DAVID，原因是方便簡單。有人說它數據庫更新慢，不准 ...
從零開始學生信-orthofinder的安裝和使用-基因家族分析
，這一套下來，基本的基因分析軟件都安裝好了。 包括兩兩比對軟件：blast，diamond。# ...
edgeR之配對檢驗分析差異基因的使用教程
edgeR的介紹 背景 RNA-seq表達譜與生物復制的差異表達分析。 實現一系列基於負二項分布的統計方法，包括經驗貝葉斯估計，精確檢驗，廣義線性模型和准似然檢驗。 與RNA-seq一樣，它可用於產生計數的其他類型基因組數據的差異信號分析，包括ChIP-seq，Bisulfite-seq ...
基因連鎖分析
在研究兩對基因的雜交的時候，往往會遇到不完全遵循孟德爾遺傳分離比的情況，甚至有極其明顯的差距。因此，我們在解答問題或研究時應該注意連鎖現象。 1.連鎖 在此我們以玉米為例作為研究對象研究。 why？：1）可觀察性狀較多。2）同一株有較多種子，便於計數分析。3）雌雄 ...