1)知識簡介--------------------------------------------------------1.1)測序質量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是質量值。phred軟件在對reads進行base calling的時候會給出每一個鹼基的質量 ...
.利用Linux命令:awk .用法如下: awk if NR print gt substr , if NR print fastq gt fasta .上述用法注意事項: fastq文件必須是解壓格式的,不能是gz后綴的,雖然命令也能正常運行,但是查看文件的時候, 發現里面的內容都是亂碼的。 Ps:現在想想,Linux有些命令還是挺強大的。 比如:awk tr sed等,有空還是要學一下的 ...
2017-09-22 17:10 0 4317 推薦指數:
1)知識簡介--------------------------------------------------------1.1)測序質量值 首先在了解fastq,fasta之前,了解一下什么是質量值。phred軟件在對reads進行base calling的時候會給出每一個鹼基的質量 ...
1、FASTA文件的格式 在生物信息學中,FASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示,且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元,各行記錄信息如下: 第一 ...
fastQ格式 FASTQ是一種存儲了生物序列(通常是核酸序列)以及相應的質量評價的文本格式. 他們都是以ASCII編碼的。現在幾乎是高通量測序的標准格式。NCBI Short Read Archive也是這格式,多了一些描述性詞匯而已。 基本格式 包含四行,第一行由'@'開始,后面 ...
FASQT格式是用於存儲生物序列(通常是核苷酸序列)及其相應的鹼基質量分數的一種文本格式。為簡潔起見,序列字母和質量分數均使用單個ASCII字符進行編碼。最初由Wellcome Trust Sanger Institute(桑格研究所)開發用於捆綁FASTA格式的序列和其鹼基 ...
@HWUSI-EAS100R:6:73:941:1973#0/1 GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTT ...
參考: Graphviz: How to go from .dot to a graph? 將 Graphviz .dot 文件轉換為其他格式的圖像 在Linux系統下,使用以下命令: 其中,通過-Tpdf和-o參數指定輸出文件名及格式。 此外,在Windows系統下 ...
public class CSVToJSon { private List<String> stringToList(String s, String sep) { ...