20、BLAST比對及結果介紹
1、formatdb -i /share/nas1/huangt/project/IsoSeq/BMK170104-E545-03-a/Analysis_T01/MoveRebundant/T01/c ...
原文：Blat_類BLAST 比對工具 & GNU Parallel
Blat Blat，全稱 The BLAST Like Alignment Tool，可以稱為 類BLAST 比對工具 ，對於DNA序列，BLAT是用來設計尋找 及以上相似至少 個鹼基的序列。對於蛋白序列，BLAT是用來設計尋找 及以上相似至少 個氨基酸的序列。 Blat 的主要特點就是：速度快，共線性輸出結果簡單易讀。對於比較小的序列 如 cDNA 等 對大基因組的blat與blast比較比對， ...
2017-08-31 20:17 0 4220 推薦指數：
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blast | diamond 輸出結果選擇和解析 | 比對
之前的文章：構建NCBI本地BLAST數據庫 (NR NT等) | blastx/diamond使用方法 | blast構建索引 | makeblastdb 本地運行blast時，需要指定out format。 常見的網頁版blast結果可以參照：Blast結果的詳細解析 ...
用blast blastn進行短序列的搜索（比對）
blastn 多加上 -task blastn-short -word_size 7 -evalue 1 -task：設置比對模式，通常情況會有一個默認task，這里要設置為blastn-short -word_size：盡可能小，這里設為7 -evalue：類似於p值的一個指標，越小說明越 ...
GNU Parallel-安裝+使用
參考：https://medium.com/analytics-vidhya/simple-tutorial-to-install-use-gnu-parallel-79251120d618 Download Latest version of GNU Parallel $ wget http ...
4、在線blast比對結果解析（保守結構域）
轉載：http://www.bio1000.com/experiment/fenzi/237846.html 標簽： NCBI Blast LASTP 摘要 : NCBI BLAST比對結果報告分析:BLAST是NCBI開發的一款序列相似搜索程，常用在線的BLAST比對工具進行序列 ...
生信分析-windows-blast序列比對
這是一個嘗試性的文章，能不能解決我要解決的問題，並不清楚。 ===本文利用NCBI的blast界面，實現將短序列比對上reference基因組，並實現變異位點可視化。===補言=== 比對常用的是NCBI網站，打開NCBI。（百度 谷歌直接搜索NCBI， 現在中國也在搭建和完善國家生物信息中心 ...