原文網址： http://blog.biochen.com/archives/337 HISAT2是TopHat2/Bowti2的繼任者，使用改進的BWT算法，實現了更快的速度和更少的資源占用，作者推薦TopHat2/Bowti2和HISAT的用戶轉換到HISAT2。官網：https ...

1.本人剛開始安裝的時候，先下載相關的軟件包，然后安裝installtion中的方法安裝， 運行的時候老是報錯。根據錯誤提示安裝解決方法。也參考了其他的筆友的一些建議， 發現特別麻煩，后來無意中發現有小伙伴用bioconda來安裝，一個命令，簡單快捷。 2.bioconda安裝HTSeq ...

RNA-seq數據的比對結果怎么解讀？網上有很多人問，這里做一個大致的總結。 Hisat2和bowtie2比對后產生的Alignment summary的格式是一樣的，如下： Alignment summary When HISAT2 finishes running, it prints ...

什么是RNA-Seq (RNA Sequencing) 2011-07-14 ~ ADMIN 隨着ome為詞尾的各種組學的出現，轉錄組學已經成為了人們了解生物信息的一個重要組成部分。人們使用了許多辦法來掌握轉錄組的情況，主要分為兩類，一類是基於雜交，一類是基於下一代測序技術 ...

簡單理解RNA-seq 劉小澤 已關注 2018.10.17 23:51* 字數 1518 閱讀 46評論 0喜歡 3 今天就當一個小故事看吧，看了statQuest，感覺講的很棒，於是分享給大家原版視頻后台回復 ...

轉錄組是某個物種或者特定細胞類型產生的所有轉錄本的集合。轉錄組研究能夠從整體水 平研究基因功能以及基因結構，揭示特定生物學過程以及疾病發生過程中的分子機理，已廣泛應 用於基礎研究、臨床 ...

這部分開始進行基本的富集分析，兩類 A：差異基因富集分析（不需要表達值，只需要gene name） B: 基因集(gene set)富集分析（不管有無差異， ...

這么多工具和基因組版本，選擇困難症犯了，到底用哪個好呢？ 2018 nature - Developmental diversification of cortical inhibitory int ...