同樣的名為read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...
文件排序 seq: 產生一系列的數字 man seq查看其具體使用。我們這使用seq產生下游分析所用到的輸入文件。 產生從 到 的數,步長為 seq 產生從 到 的數,步長為 ,用空格分割 seq s 產生從 到 的數,步長為 如果有 個數,中間的數為步長,最后一個始終為最大值 seq s cat lt seq lt seq gt test cat test sort: 排序,默認按字符編碼排序 ...
2017-08-26 21:38 0 1513 推薦指數:
同樣的名為read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...
Linux中fasta文件的拆分與合並 FASTA文件的拆分: (1)如果從一個文件a提取第11至20個序列存到另一個文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print "> ...
FASTA格式是一種用於記錄序列的文本格式,在生信分析中經常會用到.fasta文件中往往儲存成千上萬條序列,而在某些時候,需要對文件進行分割,如分割成每個序列一個文件,或分割成較小的fasta文件 假如有如下數據: Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta ...
inf = "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test.txt"outf= "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test2.txt"def ...
注:該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版,輸入文件是 fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...
1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項: fastq文件必須是解壓格式 ...
1、合並並轉化一代測序seq純文本為fasta格式文件 2、合並文件夾下的純文本文件 3、批量序列拼接 use strict; use warnings; open T, "<T_a.fas"; open R, "<R_a.fas ...
1、FASTA文件的格式 在生物信息學中,FASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示,且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元,各行記錄信息如下: 第一 ...