原文:Linux文件排序和FASTA文件操作

文件排序 seq: 產生一系列的數字 man seq查看其具體使用。我們這使用seq產生下游分析所用到的輸入文件。 產生從 到 的數,步長為 seq 產生從 到 的數,步長為 ,用空格分割 seq s 產生從 到 的數,步長為 如果有 個數,中間的數為步長,最后一個始終為最大值 seq s cat lt seq lt seq gt test cat test sort: 排序,默認按字符編碼排序 ...

2017-08-26 21:38 0 1513 推薦指數:

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fasta文件中序列的排序

同樣的名為read_1.fa 的fasta文件,里面有若干序列,如: > ...

Thu May 18 06:03:00 CST 2017 0 1322
fasta文件拆分與合並

Linuxfasta文件的拆分與合並 FASTA文件的拆分: (1)如果從一個文件a提取第11至20個序列存到另一個文件b: awk -v RS='>' 'NR>1{i++}i>=10&&i<=21{print "> ...

Wed Mar 23 20:29:00 CST 2016 0 3529
FASTA文件分割

FASTA格式是一種用於記錄序列的文本格式,在生信分析中經常會用到.fasta文件中往往儲存成千上萬條序列,而在某些時候,需要對文件進行分割,如分割成每個序列一個文件,或分割成較小的fasta文件 假如有如下數據: Tricas1.fasta $ head Tricas1.fasta ...

Fri Feb 22 23:29:00 CST 2019 0 1208
txt文件轉為fasta文件

inf = "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test.txt"outf= "/media/disk/CJX/Genechi/chi_sum_test2.txt"def ...

Fri Oct 11 06:11:00 CST 2019 0 919
統計 fasta 文件序列長度及 GC 含量

注:該腳本適用於序列不斷開的情況 可用一下命令將折行的序列合並為一行 運行腳本 升級版,輸入文件fasta 格式即可。用 Bio 中的 Seq.IO 解析 fasta 文件, 用 python 的內置函數 count() 的計算速度更快。 ...

Sat Jan 14 11:25:00 CST 2017 0 3357
FASTQ 文件格式轉換為 FASTA 格式

1.利用Linux命令:awk 2.用法如下: awk '{if(NR%4 == 1){print ">" substr($0, 2)}}{if(NR%4 == 2){print}}' fastq > fasta 3.上述用法注意事項: fastq文件必須是解壓格式 ...

Sat Sep 23 01:10:00 CST 2017 0 4317
Perl FASTA文件拆分合並

1、合並並轉化一代測序seq純文本為fasta格式文件 2、合並文件夾下的純文本文件 3、批量序列拼接 use strict; use warnings; open T, "<T_a.fas"; open R, "<R_a.fas ...

Tue Nov 13 19:01:00 CST 2018 0 788
fasta與fastq格式文件解讀

1、FASTA文件的格式 在生物信息學中,FASTA格式(又稱為Pearson格式)是一種基於文本的、用於表示核苷酸序列或氨基酸序列的格式。在這種格式中鹼基對或氨基酸用單個字母來表示,且允許在序列前添加序列名及注釋。 FASTA文件以序列表示和序列作為一個基本單元,各行記錄信息如下: 第一 ...

Mon May 08 22:30:00 CST 2017 0 3327
 
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