從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
今天要上NCBI下載sra數據發現沒有下載的鏈接,網上查發現都是老的方法,NCBI頁面已經變更,於是看了NCBI的help,並且記錄下來新版的sra數據下載方法,要用NCBI的工具SRA Toolkit。另外咨詢師兄,總結得到新的wget下載的方法。 方法 NCBI告知的方法 中斷不能繼續下載 下載SRA Tookit https: trace.ncbi.nlm.nih.gov Traces s ...
2017-08-14 10:52 0 22600 推薦指數:
從NCBI下載數據本來是一件很簡單的事情,但是今天碰到幾個坑: 1、paper里沒有提供SRA數據號、也沒有提供路徑; 2、不知道文件在ftp的地址,不能直接用wget下載 所以通過在NCBI官網,直接在SRA搜索欄里: 輸入paper的title關鍵詞NIFTY BGI ...
簡介 SRA數據庫是美國國立衛生研究院(NIH)的高通量測序數據的主要歸檔,是國際核苷酸序列數據庫協作(INSDC)的一部分,其中包括NCBI序列讀取存檔(SRA),歐洲生物信息學研究所(EBI)和DNA數據庫 日本(DDBJ)。 提交給三個組織中的任何一個的數據都是共享的。 SRA ...
/48272598_749456477.shtml 我的下載的數據在/home/username/ncbi/public/s ...
1、prefetch SRRxxxxxx ~/ncbi/public/sra 2、fastq-dump --split-files xxxxxxsra 3、SRA、SAM以及Fastq文件高速下載方法 3.1 NCBI-SRA和EBI-ENA數據庫 SRA數據 ...
介紹了如何採用 sra-toolkit 下載 sra 文件,可是假設你想下載整個項目的全部樣本。應該如何 ...
目錄 1.Conda連接不上鏡像源問題 2. aspera不能再獨立使用 3.使用prefetch搭配aspera 4. prefetch下載方法 記錄下下載過程,為自己和后人避坑。 1.Conda連接不上鏡像源問題 首先是anaconda安裝軟件 ...
下了一些sra數據庫中的公共數據,因為pretech和aspera不穩定,稍微大點的文件經常傳斷,部分文件我只能通過本地下載再上傳。 那么問題來了,sra沒有md5校驗,我怎么知道我數據的完整性,尤其是通過本地下載的那些數據? 網上查了下是說,sra是自帶md5校驗的(The SRA ...
如何使用sratoolkit下載NCBI數據? 比如我想下載這個研究的數據, 使用prefetch命令,輸入對應的SRA號碼 prefetch SRR10861695 默認下載限制是20G的數據,如果下載的數據較大,可以修改配置,比如改為最大100G prefetch --max-size ...