擴增子圖表解讀8網絡圖：節點OTU或類Venn比較
網絡圖 Network 網絡圖雖然給人高大上的感覺，但是由於信息太多，無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么，總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡，自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要性。 因此我要舉一個網絡分析重要 ...
原文：擴增子圖表解讀6韋恩圖：比較組間共有和特有OTU或分類單元
韋恩圖 Venn Diagram Venn Diagram，也稱韋恩圖 維恩圖 文氏圖，用於顯示元素集合重疊區域的圖示。 韋圖繪制工具 常用R語言的VennDiagram包繪制，輸出PDF格式方便修改。此外還有非常多的在線工具，使用方便。 詳見 輕松繪制各種Venn圖 韋恩圖在擴增子中用途 展示各樣品和組間共有 各組特有的OTU 由於此類結果缺少統計支持，假陽性率高，近年來使用越來越少。 展示各 ...
2017-08-03 00:10 0 2510 推薦指數：
相關推薦
擴增子圖表解讀3熱圖：差異菌、OTU及功能
熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析，以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛，尤其在高通量測序的結果展示中很流行，如樣品-基因表達，樣品-OTU相對豐度矩陣非常適合采用熱圖呈現。 熱圖優點 ...
擴增子圖表解讀5火山圖：差異OTU的數量及變化規律
火山圖 Volcano plot 在統計學上，火山圖是一種類型的散點圖，被用於在大數據中快速鑒定變化。由於它的形成像火山噴發的樣子，所以被稱為火山圖。和上文講的曼哈頓圖類似。 火山圖基本元素 火山圖也有很多種樣式，在生 ...
擴增子圖表解讀4曼哈頓圖：差異分類級別Taxonomy
曼哈頓圖 Manhattan Plot 曼哈頓圖本質上是一個散點圖，用於顯示大量非零大范圍波動數值，最早應用於全基因組關聯分析(GWAS)研究展示高度相關位點。它得名源於樣式與曼哈頓天際線相似(如下圖）。 近幾年，在宏基因組領域，尤其是差異OTU結合 ...
宏基因組擴增子圖表解讀2散點圖：組間整體差異分析(Beta多樣性)
散點圖 數據點在直角坐標系平面上的分布圖。在宏基因組領域，散點圖常用於展示樣品組間的Beta多樣性，常用的分析方法有主成分分析(PCA)，主坐標軸分析(PCoA/MDS)和限制條件的主坐標軸分析(CPCoA/CCA/RDA)。 Beta ...
擴增子圖表解讀1箱線圖：Alpha多樣性
箱線圖 箱形圖（Box-plot）又稱為盒須圖、盒式圖或箱線圖，是一種用作 顯示一組數據分散情況資料的統計圖。因形狀如箱子而得名。在宏基因組領域，常用於展示樣品組中各樣品Alpha多樣性的分布 第一種情況，最大或最小值沒有超過1.5倍箱體 ...
擴增子圖片解讀7三元圖
、冶金學和其它物理科學，用於表示在同一個系統中三組分間的比例。在群體遺傳學中，它被稱做Finetti圖；在 ...
擴增子分析解讀5物種注釋 OTU表操作
本節課程，需要先完成《擴增子分析解讀》系列之前的操作 1質控 實驗設計 雙端序列合並 2提取barcode 質控及樣品拆分 切除擴增引物 3格式轉換 去冗余 聚類 4去嵌合體 非細菌序列 生成代表性序列和OTU表 分析前准備 ...