箱線圖 箱形圖(Box-plot)又稱為盒須圖、盒式圖或箱線圖,是一種用作 顯示一組數據分散情況資料的統計圖。因形狀如箱子而得名。在宏基因組領域,常用於展示樣品組中各樣品Alpha多樣性的分布 第一種情況,最大或最小值沒有超過1.5倍箱體 ...
散點圖 數據點在直角坐標系平面上的分布圖。在宏基因組領域,散點圖常用於展示樣品組間的Beta多樣性,常用的分析方法有主成分分析 PCA ,主坐標軸分析 PCoA MDS 和限制條件的主坐標軸分析 CPCoA CCA RDA 。 Beta多樣性 Beat多樣性是生態學概念,專指不同組或生態位間物種組成的差異。 分析方法 在讀文章中經常可以看到PCA分析 PCoA分析,NMDS分析,CCA分析,RD ...
2017-08-02 23:24 0 2145 推薦指數:
箱線圖 箱形圖(Box-plot)又稱為盒須圖、盒式圖或箱線圖,是一種用作 顯示一組數據分散情況資料的統計圖。因形狀如箱子而得名。在宏基因組領域,常用於展示樣品組中各樣品Alpha多樣性的分布 第一種情況,最大或最小值沒有超過1.5倍箱體 ...
擴增子常見問題 01 實驗室檢測的DNA濃度很高,送到公司檢測之后濃度卻比較低呢? 1、老師在實驗室多采用Nanodrop對DNA濃度進行檢測,而在公司我們會結合Qubit、Nanodrop、瓊脂糖電泳三種方法檢測DNA樣品的質量 ...
工具,使用方便。 詳見“輕松繪制各種Venn圖” 韋恩圖在擴增子中 ...
曼哈頓圖 Manhattan Plot 曼哈頓圖本質上是一個散點圖,用於顯示大量非零大范圍波動數值,最早應用於全基因組關聯分析(GWAS)研究展示高度相關位點。它得名源於樣式與曼哈頓天際線相似(如下圖)。 近幾年,在宏基因組領域,尤其是差異OTU結合 ...
熱圖是使用顏色來展示數值矩陣的圖形。通常還會結合行、列的聚類分析,以表達實驗數據多方面的結果。 熱圖在生物學領域應用廣泛,尤其在高通量測序的結果展示中很流行,如樣品-基因表達,樣品-OTU相對豐度矩陣非常適合采用熱圖呈現。 熱圖優點 ...
火山圖 Volcano plot 在統計學上,火山圖是一種類型的散點圖,被用於在大數據中快速鑒定變化。由於它的形成像火山噴發的樣子,所以被稱為火山圖。和上文講的曼哈頓圖類似。 火山圖基本元素 火山圖也有很多種樣式,在生 ...
網絡圖 Network 網絡圖雖然給人高大上的感覺,但是由於信息太多,無法給讀者提供讀有效的可讀信息或是讀者不知道該理解什么,總是讓人望爾卻步。那是因為大家太不了解網絡,自己讀不懂網絡想表達的意思及其重要性。 因此我要舉一個網絡分析重要 ...
繪制Alpha多樣性線箱圖 繪圖和統計全部為R語言,建議復制代碼,在Rstuido中運行,並設置工作目錄為存儲之前分析結果文件的result目錄 # 運行前,請在Rstudio中菜單欄選擇“Session - Set work directory -- Choose ...